Православие исповедуют лишь несколько русских семей. В 2009 году была учреждена епархия Бурунди и Руанды.

Первый православный храм, посвященный Успению Божией Матери, появился в Бурунди в 60-х годах прошлого века. В настоящее время в стране функционируют два православных храма: Успенский собор в Бужумбуре, где служит иеромонах Василий (Бонане), и храм преподобного Арсения Каппадокийского в миссионерском центре в Гагаре, где служит священник Сильвестр Сахиугуву. Также ведется строительство третьего храма в составе миссионерского центра во имя великомученика Димитрия в Карамасе.

11 октября 2009 года в монастыре святого Саввы в Александрии архимандрит Савва был рукоположен в сан архиерея, став первым православным епископом Бурунди и Руанды.