Das orthodoxe Christentum wird nur von wenigen russischen Familien praktiziert. Im Jahr 2009 wurde das Bistum Burundi und Ruanda gegründet.

Die erste orthodoxe Kirche, die der Entschlafung der Gottesmutter gewidmet ist, entstand in Burundi in den 60er Jahren des letzten Jahrhunderts. Derzeit gibt es im Land zwei orthodoxe Kirchen: die Uspenski-Kathedrale in Bujumbura, wo der Hieromönch Basilius (Bonane) dient, und die Kirche des heiligen Arsenios von Kappadokien im Missionszentrum in Gagara, wo der Priester Silvester Sahiuguvu dient. Außerdem wird der Bau einer dritten Kirche im Rahmen des Missionszentrums zu Ehren des heiligen Märtyrers Dimitri in Karama durchgeführt.

Am 11. Oktober 2009 wurde im Kloster des heiligen Savva in Alexandria der Archimandrit Savva zum Bischof geweiht und wurde der erste orthodoxe Bischof von Burundi und Ruanda.