El ortodoxismo es practicado solo por algunas familias rusas. En 2009 se estableció la diócesis de Burundi y Ruanda.

La primera iglesia ortodoxa, dedicada a la Asunción de la Madre de Dios, apareció en Burundi en los años 60 del siglo pasado. Actualmente, en el país funcionan dos iglesias ortodoxas: la Catedral de la Asunción en Bujumbura, donde sirve el ieromonje Basilio (Bonane), y la iglesia del venerable Arsenio de Capadocia en el centro misionero de Gagara, donde sirve el sacerdote Silvestre Sahiuguvu. También se está construyendo una tercera iglesia en el centro misionero en honor al gran mártir Dimitri en Karama.

El 11 de octubre de 2009, en el monasterio de San Sabas en Alejandría, el archimandrita Savva fue ordenado obispo, convirtiéndose en el primer obispo ortodoxo de Burundi y Ruanda.