Le christianisme orthodoxe est pratiqué par seulement quelques familles russes. En 2009, un diocèse du Burundi et du Rwanda a été établi.

La première église orthodoxe, dédiée à l'Assomption de la Mère de Dieu, est apparue au Burundi dans les années 60. Actuellement, deux églises orthodoxes fonctionnent dans le pays : la cathédrale de l'Assomption à Bujumbura, où le hiéromoine Vassili (Bonane) officie, et l'église du vénérable Arsène de Cappadoce au centre missionnaire de Gagara, où le prêtre Sylvestre Sahiuguvu officie. La construction d'une troisième église, dédiée au grand martyr Dimitri, est également en cours au sein du centre missionnaire à Karamasa.

Le 11 octobre 2009, à Monastère de Saint-Sava à Alexandrie, l'archimandrite Savva a été ordonné évêque, devenant ainsi le premier évêque orthodoxe du Burundi et du Rwanda.