Женская православная община в Ташкенте была основана в 1893 году. 21 апреля того года, после крестного хода, епископ Омский и Семипалатинский Григорий (Полетаев) освятил место для будущей обители. 17 мая был заложен первый камень в основание храма и келейного корпуса. К концу года завершилось строительство здания с кельями для сестер, которых на тот момент было уже 20.

15 февраля 1894 года церковь Николаевского общежительного мужского монастыря, посвященная святителю Николаю Мирликийскому, была освящена как домовая церковь женской общины. К ней примыкала кирпичная колокольня с девятью колоколами, самый большой из которых весил 100 пудов. Колокольня была построена на средства ташкентских благотворителей, преимущественно женщин.

1 октября 1894 года община получила название «Никольская». 25 ноября того же года это название и статус женской иноческой общины были официально утверждены императорским указом. Тем же указом общине было предоставлено 40 гектаров земли в селе Успенском для расширения.

В 1897 году были построены жилой корпус для сестер и трапезная с домом для священника. К этому времени в монастыре проживало уже 50 насельниц.

19 сентября 1901 года указом Святейшего Синода община получила статус общежительного женского монастыря и название Ташкентский Свято-Николаевский.

В 1900 году обитель приобрела соседние участки, расширенная территория была обнесена оградой, был построен новый корпус с просфорней и трапезной. К 1902 году монастырь владел 52 гектарами земли, из которых 30 были засеяны хлебом, 14, клевером, а 4 занимали сад и огороды. В хозяйстве имелись 10 лошадей, 12 рабочих волов, 30 коров и сельскохозяйственная техника. В 1916 году число насельниц достигло 100. При монастыре была открыта школа для девочек, преимущественно сирот.

В конце первого десятилетия XX века храм Николая Мирликийского, рассчитанный на 60-70 молящихся, перестал удовлетворять потребности монастыря. В 1911 году началось строительство нового храма в честь Успения Божией Матери по проекту архитектора Алексея Щусева. Храм должен был быть пятиглавым, трехпрестольным, с боковыми приделами во имя святителя Николая и святителя Василия Великого. Однако строительство было приостановлено из-за начала Первой мировой войны и запрета на сбор пожертвований не на военные нужды.

В 1922 году монастырь был закрыт. После этого здание церкви пришло в упадок, а на месте обители разместилась женская колония, которая существует там и по сей день. В здании храма с снесенным куполом была оборудована тюремная больница. В советское время монахини принимали постриг тайно.

В 1991 году Священный синод Русской православной церкви принял решение о восстановлении монастыря. Обитель была открыта заново, но не на прежнем месте, а на базе приходского Свято-Троицкого храма, и получила свое нынешнее название. В 1996 году монастырь посетил патриарх Московский и всея Руси Алексий II.

В монастыре проводятся ежедневные богослужения, а на подворье под городом Чирчик ведется подсобное хозяйство.