Die orthodoxe Frauen-Gemeinschaft in Taschkent wurde 1893 gegründet. Am 21. April desselben Jahres, nach einem Kreuzgang, weihte der Bischof von Omsk und Semipalatinsk, Grigorij (Poletajew), den Platz für das zukünftige Kloster. Am 17. Mai wurde der erste Stein für das Fundament der Kirche und des Zellengebäudes gelegt. Bis zum Ende des Jahres war der Bau des Gebäudes mit Zellen für die Schwestern abgeschlossen, die zu diesem Zeitpunkt bereits 20 waren.

Am 15. Februar 1894 wurde die Kirche des Nikolaus-Herrenklosters, die dem Heiligen Nikolaus von Myra gewidmet war, als Hauskirche der Frauen-Gemeinschaft geweiht. An sie grenzte ein Backsteinglockenturm mit neun Glocken, von denen die größte 100 Pud wog. Der Glockenturm wurde mit Mitteln von taschkentischen Wohltätern, hauptsächlich Frauen, gebaut.

Am 1. Oktober 1894 erhielt die Gemeinschaft den Namen „Nikolaus“. Am 25. November desselben Jahres wurde dieser Name und der Status einer weiblichen Klostergemeinschaft durch kaiserlichen Erlass offiziell bestätigt. Mit demselben Erlass erhielt die Gemeinschaft 40 Hektar Land im Dorf Uspenskoje zur Erweiterung.

Im Jahr 1897 wurden ein Wohngebäude für die Schwestern und eine Speisehalle mit einem Pfarrhaus gebaut. Zu diesem Zeitpunkt lebten bereits 50 Bewohnerinnen im Kloster.

Am 19. September 1901 erhielt die Gemeinschaft durch Erlass des Heiligen Synods den Status eines Frauenklosters und den Namen Taschkent Heilig-Nikolaus.

Im Jahr 1900 erwarb das Kloster benachbarte Grundstücke, das erweiterte Gebiet wurde eingezäunt, und ein neuer Bau mit einer Proskhorna und einer Speisehalle wurde errichtet. Bis 1902 besaß das Kloster 52 Hektar Land, von denen 30 mit Getreide, 14 mit Klee und 4 mit Obstgärten und Gemüsegärten bepflanzt waren. Im Betrieb gab es 10 Pferde, 12 Arbeitstiere, 30 Kühe und landwirtschaftliche Maschinen. Im Jahr 1916 erreichte die Zahl der Bewohnerinnen 100. Im Kloster wurde eine Schule für Mädchen, hauptsächlich Waisen, eröffnet.

Am Ende des ersten Jahrzehnts des 20. Jahrhunderts genügte die Kirche des Heiligen Nikolaus, die für 60-70 Betende ausgelegt war, nicht mehr den Bedürfnissen des Klosters. 1911 begann der Bau einer neuen Kirche zu Ehren der Himmelfahrt der Gottesmutter nach dem Entwurf des Architekten Alexej Schussew. Die Kirche sollte fünfkuppelig, dreischiffig mit Seitenaltären zu Ehren des Heiligen Nikolaus und des Heiligen Basilius des Großen sein. Der Bau wurde jedoch aufgrund des Beginns des Ersten Weltkriegs und des Verbots von Spenden für nicht-militärische Zwecke eingestellt.

Im Jahr 1922 wurde das Kloster geschlossen. Danach verfiel das Kirchengebäude, und an der Stelle des Klosters wurde eine Frauenkolonie eingerichtet, die bis heute dort existiert. Im Gebäude der Kirche mit der abgerissenen Kuppel wurde ein Gefängniskrankenhaus eingerichtet. In der Sowjetzeit nahmen die Nonnen heimlich den Ordensgelübde ab.

Im Jahr 1991 beschloss der Heilige Synod der Russischen Orthodoxen Kirche, das Kloster wiederherzustellen. Das Kloster wurde neu eröffnet, jedoch nicht am alten Ort, sondern auf der Basis der Pfarrei Heilig-Troisnik Kirche, und erhielt seinen heutigen Namen. Im Jahr 1996 besuchte der Patriarch von Moskau und ganz Russland, Alexij II, das Kloster.

Im Kloster finden tägliche Gottesdienste statt, und auf dem Vorwerk bei der Stadt Chirchik wird eine Landwirtschaft betrieben.