La comunidad ortodoxa femenina en Tashkent fue fundada en 1893. El 21 de abril de ese año, después de una procesión, el obispo de Omsk y Semipalatinsk, Grigori (Poletayev), bendijo el lugar para el futuro monasterio. El 17 de mayo se colocó la primera piedra en la base del templo y del edificio de celdas. Al final del año, se completó la construcción del edificio con celdas para las hermanas, que en ese momento ya eran 20.

El 15 de febrero de 1894, la iglesia del monasterio masculino de San Nicolás, dedicada a San Nicolás de Mira, fue consagrada como la iglesia doméstica de la comunidad femenina. A ella se adosaba un campanario de ladrillo con nueve campanas, la más grande de las cuales pesaba 100 puds. El campanario fue construido con fondos de benefactores de Tashkent, principalmente mujeres.

El 1 de octubre de 1894, la comunidad recibió el nombre de "Nicolás". El 25 de noviembre de ese mismo año, este nombre y el estatus de comunidad monástica femenina fueron oficialmente aprobados por un decreto imperial. Con el mismo decreto, se otorgaron 40 hectáreas de tierra en el pueblo de Uspenskoye para la expansión.

En 1897, se construyó un edificio residencial para las hermanas y un comedor con una casa para el sacerdote. Para ese momento, ya residían 50 monjas en el monasterio.

El 19 de septiembre de 1901, por decreto del Santo Sínodo, la comunidad recibió el estatus de monasterio femenino de vida común y el nombre de Monasterio de San Nicolás de Tashkent.

En 1900, el monasterio adquirió terrenos vecinos, el territorio ampliado fue cercado, y se construyó un nuevo edificio con una panadería y un comedor. Para 1902, el monasterio poseía 52 hectáreas de tierra, de las cuales 30 estaban sembradas de cereales, 14 de trébol, y 4 ocupaban un jardín y huertos. En la granja había 10 caballos, 12 bueyes de trabajo, 30 vacas y maquinaria agrícola. En 1916, el número de monjas alcanzó 100. Se abrió una escuela para niñas, principalmente huérfanas, en el monasterio.

A finales de la primera década del siglo XX, la iglesia de San Nicolás, diseñada para 60-70 fieles, dejó de satisfacer las necesidades del monasterio. En 1911, comenzó la construcción de una nueva iglesia en honor de la Asunción de la Madre de Dios, según el proyecto del arquitecto Alexei Shchusev. La iglesia debía tener cinco cúpulas, tres altares, con capillas laterales en honor de San Nicolás y San Basilio el Grande. Sin embargo, la construcción se detuvo debido al inicio de la Primera Guerra Mundial y la prohibición de recaudar donaciones que no fueran para necesidades militares.

En 1922, el monasterio fue cerrado. Después de eso, el edificio de la iglesia cayó en decadencia, y en el lugar del monasterio se estableció una colonia de mujeres, que existe hasta hoy. En el edificio de la iglesia, con la cúpula demolida, se equipó un hospital penitenciario. En la época soviética, las monjas tomaban el hábito en secreto.

En 1991, el Santo Sínodo de la Iglesia Ortodoxa Rusa decidió restaurar el monasterio. El monasterio fue reabierto, pero no en su antiguo lugar, sino en la base de la iglesia parroquial de la Santísima Trinidad, y recibió su nombre actual. En 1996, el patriarca de Moscú y de toda Rusia, Alexio II, visitó el monasterio.

Se celebran servicios diarios en el monasterio, y en la finca cerca de la ciudad de Chirchik se lleva a cabo una granja de subsistencia.