La communauté orthodoxe féminine à Tachkent a été fondée en 1893. Le 21 avril de cette année-là, après une procession, l'évêque de l'Omsk et de Semipalatinsk Grigori (Poletayev) a consacré le lieu pour le futur monastère. Le 17 mai, la première pierre a été posée pour la fondation de l'église et du bâtiment des cellules. À la fin de l'année, la construction du bâtiment avec des cellules pour les sœurs, qui étaient déjà 20 à ce moment-là, était achevée.

Le 15 février 1894, l'église du monastère masculin de la communauté de Nicolas, dédiée à saint Nicolas de Myre, a été consacrée comme église de la communauté féminine. Elle était adjacente à un clocher en brique avec neuf cloches, la plus grande pesant 100 pouds. Le clocher a été construit grâce aux dons de bienfaiteurs de Tachkent, principalement des femmes.

Le 1er octobre 1894, la communauté a reçu le nom de « Nicolas ». Le 25 novembre de la même année, ce nom et le statut de communauté monastique féminine ont été officiellement approuvés par un décret impérial. Par le même décret, la communauté a reçu 40 hectares de terre dans le village d'Uspenskoe pour son expansion.

En 1897, un bâtiment résidentiel pour les sœurs et une salle à manger avec une maison pour le prêtre ont été construits. À ce moment-là, 50 résidentes vivaient déjà dans le monastère.

Le 19 septembre 1901, par décret du Saint-Synode, la communauté a obtenu le statut de monastère féminin communautaire et le nom de Monastère Saint-Nicolas de Tachkent.

En 1900, le monastère a acquis des parcelles voisines, le territoire élargi a été entouré d'une clôture, et un nouveau bâtiment avec une boulangerie et une salle à manger a été construit. En 1902, le monastère possédait 52 hectares de terre, dont 30 étaient cultivés avec des céréales, 14 avec du trèfle, et 4 étaient occupés par un jardin et des potagers. L'économie comptait 10 chevaux, 12 bœufs de travail, 30 vaches et du matériel agricole. En 1916, le nombre de résidentes a atteint 100. Une école pour filles, principalement des orphelines, a été ouverte au monastère.

À la fin de la première décennie du XXe siècle, l'église de saint Nicolas de Myre, conçue pour 60-70 priants, ne répondait plus aux besoins du monastère. En 1911, la construction d'une nouvelle église en l'honneur de l'Assomption de la Mère de Dieu a commencé, selon le projet de l'architecte Alexeï Choussev. L'église devait être à cinq coupoles, à trois autels, avec des chapelles latérales au nom de saint Nicolas et de saint Basile le Grand. Cependant, la construction a été suspendue en raison du début de la Première Guerre mondiale et de l'interdiction de collecter des dons non destinés aux besoins militaires.

En 1922, le monastère a été fermé. Après cela, le bâtiment de l'église est tombé en ruine, et à la place du monastère, une colonie de femmes a été installée, qui existe encore aujourd'hui. Dans le bâtiment de l'église, avec le dôme démoli, une prison-hôpital a été aménagée. À l'époque soviétique, les moniales prenaient le voile en secret.

En 1991, le Saint-Synode de l'Église orthodoxe russe a décidé de restaurer le monastère. Le monastère a été rouvert, mais non à son ancien emplacement, mais sur la base de l'église paroissiale de la Sainte-Trinité, et a reçu son nom actuel. En 1996, le patriarche de Moscou et de toute la Russie Alexis II a visité le monastère.

Des services religieux quotidiens sont célébrés au monastère, et une exploitation agricole est menée dans la dépendance près de la ville de Tchirtchik.