Монастырь начал свою историю как архитектурное сооружение с постройки церкви. В 1987 году архимандрит Георгий (Савва) по благословению владыки Исидора, который тогда был епископом, возглавил приход Свято-Вознесенского молитвенного дома в Тимашевске. Отец Георгий стремился построить красивый каменный храм, несмотря на многочисленные трудности и притеснения со стороны властей, которые не выделяли землю и запрещали строить полноценную церковь. Приходилось довольствоваться участком на окраине города, где была куплена хата с болотистой землей. Отец Георгий верил, что это место, как и Санкт-Петербург, построенный на болоте, станет благословенным.

Некоторые сомневались в выборе места, но батюшка уверял, что со временем оно станет центром. И действительно, вскоре здесь выросли два микрорайона. Местные старожилы вспоминали, что в 1950-х годах юродивая девушка предсказывала строительство церкви и монастыря в этой низине. Это место стало символом возрождения веры, как и Русская Церковь, восставшая из праха.

После завершения строительства храма в 1991 году архимандрит Георгий планировал уехать в Архангельскую Епархию, но болезнь задержала его. Владыка Исидор предложил открыть мужской монастырь в Тимашевске, и отец Георгий согласился. В июне 1992 года Свято-Духов мужской монастырь был официально открыт, а архимандрит Георгий стал его наместником.

Открытие монастыря совпало с трудным временем для России, когда реформы и переход к рыночной экономике тяжело отразились на населении. Монастырь также испытывал трудности, но благодаря поддержке добрых людей удалось построить ограду и корпуса. Первоначально в братии было двенадцать человек. Монастырь следовал древнему правилу кормиться от трудов рук своих. Благодаря помощи властей монастырю выделили почти триста гектаров земли, которые позже увеличились до четырехсот.

Сегодня монастырь занимается сельским хозяйством, выращивает зерновые, овощи и содержит скот. Братия также выполняет различные работы и участвует в богослужениях. Утренние службы начинаются в четыре часа утра и продолжаются до Божественной Литургии, вечером служится вечерня. В монастыре живут около восьмидесяти человек, которые несут свои послушания.

На территории монастыря расположены два храма: церковь Преображения Господня и церковь Сошествия Святого Духа.