Церковь Покрова Пресвятой Богородицы расположена в западной части Кремля, рядом с восточным фасадом кремлевской стены и Покровской башней.

Первое упоминание о ней в летописях датируется 1305 годом, когда посадник Семен Климович построил каменную церковь на воротах от Прусской улицы, то есть церковь была надвратной и пристроена к деревянной башне. В 1389 году по распоряжению посадника Григория Якуновича старая церковь была разобрана, и на её месте возведен новый храм. В конце XVI века церковь Покрова была построена заново, так как древняя кладка памятника относится именно к этому времени.

В 1692-1693 годах церковь Покрова была перестроена: добавлены новые барабаны, пробиты окна, возведена южная двухэтажная пристройка по проекту архитектора Семена Ефимова. С этого времени церковь стала одной из главных в Кремле и домовым храмом новгородских воевод.

В конце XVIII века Покровская башня была превращена в тюрьму, а церковь стала тюремным храмом. Вероятно, тогда был устроен переход из церкви в башню. В 1832 году храм приписали к церкви Флора и Лавра на Софийской стороне. В 1860-х годах башня и церковь были приспособлены под губернский архив, а в 1889 году, под богадельню. Южный придел церкви назывался приделом Рождества Иоанна Предтечи, а северный, приделом Святителя Николая Чудотворца. До Великой Отечественной войны с юго-востока к церкви примыкала трехпролетная колокольня, которая не сохранилась. Памятник сильно пострадал в годы войны: были утрачены глава, крыша и часть кладки.

Церковь относится к типу бесстолпных, одноапсидных, одноглавых храмов. Четверик окружен с юга и севера приделами, а с запада, трапезной и притвором. Центральная кубическая часть церкви несет восьмерик, который венчается восьмигранным барабаном с главой. С юга и севера к трапезной примыкают две пристройки, являющиеся продолжением приделов. Также с юга к трапезной примыкает двухэтажная пристройка, тянущаяся параллельно кремлевской стене. Фасады оформлены скромно, восьмерик имеет на углах плоские лопатки, соединенные прямыми уступами, между которыми расположены большие прямоугольные окна.

Храм является памятником архитектуры двух эпох: XVI века и конца XVII, XIX веков. Церковь относится к типу «восьмерик на четверике» и является одной из немногих сохранившихся церквей такого типа в Великом Новгороде.