Die Kirche der Pokrowa der Heiligen Gottesmutter befindet sich im westlichen Teil des Kremls, neben der östlichen Fassade der Kremlmauer und dem Pokrowskaja-Turm.

Die erste Erwähnung in den Chroniken datiert auf das Jahr 1305, als der Stadthalter Semen Klimowitsch eine steinerne Kirche an den Toren von der Preußischen Straße baute, das heißt, die Kirche war eine Tor-Kirche und an einen hölzernen Turm angebaut. Im Jahr 1389 wurde auf Anordnung des Stadthalters Grigori Jakunowitsch die alte Kirche abgerissen und an ihrer Stelle ein neuer Tempel errichtet. Ende des 16. Jahrhunderts wurde die Pokrowskaja Kirche neu gebaut, da die alte Mauer des Denkmals genau aus dieser Zeit stammt.

In den Jahren 1692-1693 wurde die Pokrowskaja Kirche umgebaut: neue Tamboure wurden hinzugefügt, Fenster wurden durchbrochen, und ein zweigeschossiger Anbau im Süden wurde nach dem Entwurf des Architekten Semen Jefimow errichtet. Von diesem Zeitpunkt an wurde die Kirche eine der Hauptkirchen im Kreml und die Hauskirche der Nowgoroder Woiwoden.

Ende des 18. Jahrhunderts wurde der Pokrowskaja-Turm in ein Gefängnis umgewandelt, und die Kirche wurde zur Gefängniskirche. Wahrscheinlich wurde damals ein Übergang von der Kirche zum Turm eingerichtet. Im Jahr 1832 wurde der Tempel der Kirche von Flora und Lawra auf der Sofiaseite zugeordnet. In den 1860er Jahren wurden der Turm und die Kirche für das Provinzarchiv umgebaut, und im Jahr 1889 für ein Waisenhaus. Der südliche Anbau der Kirche wurde als Anbau der Geburt des Johannes des Täufers bezeichnet, und der nördliche als Anbau des Heiligen Nikolaus des Wundertäters. Bis zum Großen Vaterländischen Krieg war im Südosten an die Kirche ein dreigeschossiger Glockenturm angebaut, der nicht erhalten geblieben ist. Das Denkmal hat im Krieg stark gelitten: Die Kuppel, das Dach und ein Teil der Mauer wurden verloren.

Die Kirche gehört zum Typ der säulenlosen, einapsidalen, einschiffigen Tempel. Der viereckige Raum wird im Süden und Norden von Anbauten umgeben, im Westen von der Trauerhalle und dem Vorraum. Der zentrale kubische Teil der Kirche trägt einen Achteck, der mit einem achteckigen Tambour mit einer Kuppel gekrönt ist. Im Süden und Norden sind zwei Anbauten an die Trauerhalle angeschlossen, die eine Fortsetzung der Anbauten darstellen. Auch im Süden ist ein zweigeschossiger Anbau an die Trauerhalle angeschlossen, der parallel zur Kremlmauer verläuft. Die Fassaden sind schlicht gestaltet, der Achteck hat an den Ecken flache Lisenen, die durch gerade Stufen verbunden sind, zwischen denen große rechteckige Fenster angeordnet sind.

Der Tempel ist ein Denkmal der Architektur zweier Epochen: des 16. Jahrhunderts und des späten 17. und 19. Jahrhunderts. Die Kirche gehört zum Typ „Achteck auf einem Viereck“ und ist eine der wenigen erhaltenen Kirchen dieses Typs in Veliki Novgorod.