La iglesia de la Protección de la Santísima Virgen se encuentra en la parte occidental del Kremlin, junto a la fachada oriental de la muralla del Kremlin y la torre de Pokrov.

La primera mención de ella en los anales data de 1305, cuando el posadnik Semen Klimovich construyó una iglesia de piedra en las puertas de la calle Pruska, es decir, la iglesia era una iglesia de puerta y estaba adosada a una torre de madera. En 1389, por orden del posadnik Grigori Yakunovich, la antigua iglesia fue desmantelada y en su lugar se erigió un nuevo templo. A finales del siglo XVI, la iglesia de Pokrov fue reconstruida, ya que la antigua mampostería del monumento data precisamente de esta época.

En 1692-1693, la iglesia de Pokrov fue remodelada: se añadieron nuevos tambores, se abrieron ventanas y se construyó un anexo de dos pisos al sur, según el proyecto del arquitecto Semen Efimov. Desde entonces, la iglesia se convirtió en una de las principales del Kremlin y en el templo doméstico de los voivodas novgorodianos.

A finales del siglo XVIII, la torre de Pokrov se convirtió en prisión, y la iglesia se convirtió en templo penitenciario. Probablemente, entonces se organizó un pasaje de la iglesia a la torre. En 1832, el templo fue asignado a la iglesia de Flora y Lavra en el lado de Sofía. En la década de 1860, la torre y la iglesia se adaptaron para el archivo provincial, y en 1889, para un asilo. El altar sur de la iglesia se llamaba el altar de la Natividad de Juan Bautista, y el norte, el altar de San Nicolás el Milagroso. Hasta la Gran Guerra Patria, al sureste de la iglesia se adosaba un campanario de tres tramos, que no ha sobrevivido. El monumento sufrió gravemente durante la guerra: se perdieron la cúpula, el techo y parte de la mampostería.

La iglesia pertenece al tipo de templos sin columnas, de una sola ábside y de una sola cúpula. El cuadrado está rodeado al sur y al norte por altares, y al oeste, por la refectorio y el vestíbulo. La parte central cúbica de la iglesia sostiene un octógono, que está coronado por un tambor octogonal con una cúpula. Al sur y al norte de la refectorio se adosan dos anexos, que son la continuación de los altares. También al sur de la refectorio se adosa un anexo de dos pisos, que se extiende paralelamente a la muralla del Kremlin. Las fachadas están decoradas modestamente, el octógono tiene en las esquinas pilastras planas, unidas por escalones rectos, entre las cuales se encuentran grandes ventanas rectangulares.

El templo es un monumento arquitectónico de dos épocas: del siglo XVI y finales del XVII, y del siglo XIX. La iglesia pertenece al tipo "octógono sobre cuadrado" y es una de las pocas iglesias de este tipo que se han conservado en Veliky Novgorod.