L'église de la Protection de la Sainte Vierge est située dans la partie ouest du Kremlin, près de la façade est du mur du Kremlin et de la tour de la Protection.

La première mention dans les chroniques date de 1305, lorsque le posadnik Semyon Klimovich a construit une église en pierre aux portes de la rue Prussienne, c'est-à-dire que l'église était sur les portes et adjointe à une tour en bois. En 1389, sur ordre du posadnik Grigori Yakunovich, l'ancienne église a été démolie et à sa place un nouveau temple a été érigé. À la fin du XVIe siècle, l'église de la Protection a été reconstruite, car la maçonnerie ancienne du monument date précisément de cette époque.

En 1692-1693, l'église de la Protection a été réaménagée : de nouveaux tambours ont été ajoutés, des fenêtres percées, et une annexe sud à deux étages a été construite selon le projet de l'architecte Semyon Efimov. Depuis ce temps, l'église est devenue l'une des principales du Kremlin et le temple domestique des voïvodes novgorodiens.

À la fin du XVIIIe siècle, la tour de la Protection a été transformée en prison, et l'église est devenue le temple de la prison. Il est probable qu'un passage ait été aménagé de l'église à la tour à cette époque. En 1832, le temple a été rattaché à l'église de Flore et Laurent du côté de Sofia. Dans les années 1860, la tour et l'église ont été adaptées pour servir d'archives provinciales, et en 1889, pour un hospice. Le chœur sud de l'église était appelé le chœur de la Nativité de Jean-Baptiste, et le nord, le chœur de Saint Nicolas le Miracleux. Avant la Grande Guerre patriotique, une cloche à trois travées était adjacente à l'église du sud-est, mais elle n'a pas survécu. Le monument a été gravement endommagé pendant la guerre : le dôme, le toit et une partie de la maçonnerie ont été perdus.

L'église appartient au type des temples sans colonnes, à une abside et à un dôme unique. Le carré est entouré au sud et au nord par des chœurs, et à l'ouest, par une salle à manger et un vestibule. La partie centrale cubique de l'église porte un octogone, qui est surmonté d'un tambour octogonal avec un dôme. Au sud et au nord, deux annexes, qui prolongent les chœurs, sont adjacentes à la salle à manger. De plus, au sud, une annexe à deux étages s'étend parallèlement au mur du Kremlin. Les façades sont décorées sobrement, l'octogone a des pilastres plats aux coins, reliés par des gradins droits, entre lesquels se trouvent de grandes fenêtres rectangulaires.

Le temple est un monument architectural de deux époques : le XVIe siècle et la fin du XVIIe, XIXe siècles. L'église appartient au type « octogone sur carré » et est l'une des rares églises de ce type encore conservées à Veliky Novgorod.