Новохоперский краеведческий музей находится в центре города в двухэтажном старинном особняке, построенном в 1870 году. Первоначально это был жилой дом, который отапливался единственным камином в подвале. Теплый воздух сначала проходил под полами первого этажа, а затем поступал в дымоходы в массивных стенах.

После событий начала XX века с 1930-х годов в этом здании размещались военные штабы. С мая по сентябрь 1943 года здесь формировалась Первая чехословацкая бригада под командованием Людвига Свободы, и её штаб также находился в этом особняке.

В 1961 году Людвиг Свобода, уже в роли президента Чехословакии, посетил Новохоперск. Это событие возродило дружбу между местными жителями и чехословацкими военными. Делегации из ЧССР стали часто приезжать в город, а новохоперцы отвечали визитами.

К 1973 году в особняке разместился городской Совет, а на первом этаже открыли небольшой музей советско-чехословацкой дружбы, приуроченный к 30-летию создания первой чехословацкой бригады. Организатором музея стал краевед Александр Алексеевич Соломенцев.

Фонды музея начали формироваться в 1980-е годы, в 1985 году он получил официальный статус, а в 1986 году открылся для посетителей. К этому времени городской Совет переехал, и весь особняк стал музеем. В экспозиции появились две значимые страницы истории: одна о военных годах Чехословакии, другая о мирной дружбе с Новохоперском.

До 1990 года музей советско-чехословацкой дружбы был значимым объектом для Министерства культуры СССР. Сейчас он остаётся уникальным на постсоветском пространстве.

Около 25 лет музей находился под управлением Новохоперского городского Совета и был частью Дома культуры. В 2010 году на его базе было создано Муниципальное учреждение "Новохоперский краеведческий музей" с правом юридического лица, учредителем которого стала администрация Новохоперского муниципального района.

Сегодня музей является муниципальным казенным учреждением под управлением Новохоперского муниципального района. Недавние ремонты здания сохранили его исторический облик, придав ему современный вид.