Le musée local de Novokhoper est situé au centre de la ville dans un ancien manoir de deux étages, construit en 1870. À l'origine, c'était une maison d'habitation, chauffée par une seule cheminée dans le sous-sol. L'air chaud passait d'abord sous les planchers du premier étage, puis était dirigé vers les conduits de cheminée dans les murs massifs.

Après les événements du début du XXe siècle, à partir des années 1930, ce bâtiment a abrité des quartiers militaires. De mai à septembre 1943, la Première brigade tchécoslovaque, sous le commandement de Ludvik Svoboda, s'est formée ici, et son quartier général était également situé dans ce manoir.

En 1961, Ludvik Svoboda, déjà président de la Tchécoslovaquie, a visité Novokhoper. Cet événement a ravivé l'amitié entre les habitants locaux et les militaires tchécoslovaques. Des délégations de la Tchécoslovaquie sont devenues fréquentes dans la ville, et les habitants de Novokhoper ont répondu par des visites.

En 1973, le manoir a accueilli le Conseil municipal, et un petit musée de l'amitié soviéto-tchécoslovaque a été ouvert au rez-de-chaussée, à l'occasion du 30e anniversaire de la création de la première brigade tchécoslovaque. L'organisateur du musée était l'historien Alexandre Alexeïevitch Solomentsev.

Les collections du musée ont commencé à se former dans les années 1980, en 1985, il a obtenu un statut officiel, et en 1986, il a ouvert ses portes aux visiteurs. À ce moment-là, le Conseil municipal avait déménagé, et tout le manoir est devenu un musée. L'exposition a présenté deux pages significatives de l'histoire : l'une sur les années de guerre de la Tchécoslovaquie, l'autre sur l'amitié pacifique avec Novokhoper.

Jusqu'en 1990, le musée de l'amitié soviéto-tchécoslovaque était un objet important pour le ministère de la culture de l'URSS. Aujourd'hui, il reste unique dans l'espace post-soviétique.

Pendant environ 25 ans, le musée a été géré par le Conseil municipal de Novokhoper et faisait partie de la Maison de la culture. En 2010, un établissement municipal "Musée local de Novokhoper" a été créé sur sa base avec le droit de personne juridique, dont l'administrateur est devenu l'administration du district municipal de Novokhoper.

Aujourd'hui, le musée est un établissement public sous la gestion du district municipal de Novokhoper. Les récentes rénovations du bâtiment ont préservé son apparence historique tout en lui donnant un aspect moderne.