История Белогорского монастыря начинается с 1890 года, когда отец Стефан Луканин впервые посетил Белую гору. Вдохновленный увиденным, он решил основать здесь миссионерский монастырь. В 1891 году на горе был установлен первый крест, а вскоре началось строительство храмов и других зданий. В 1894 году был освящен первый деревянный храм, а в 1895 году завершено строительство Иверского храма. Монастырь быстро развивался: строились новые здания, открывались мастерские и школа для сирот.

К 1917 году монастырь стал значительным религиозным и культурным центром. Однако с приходом большевиков начались гонения на церковь. В 1918 году архимандрит Варлаам и многие монахи были убиты, монастырь разграблен. Попытки возродить монастырь предпринимались до 1923 года, но безуспешно. В советские годы монастырь использовался в различных целях, включая дом инвалидов и лагерь для репрессированных.

В 1990 году монастырь был возвращен Русской Православной Церкви, и началось его восстановление. В 1991 году возобновились богослужения, а в 1993 году монастырь получил статус памятника архитектуры. Восстановление продолжается, привлекая паломников и благотворителей. В 1998 году был вновь установлен Царский крест, а в 1999 году утвержден план развития монастыря. В 2000-х годах продолжались работы по восстановлению инфраструктуры и храмов.