L'histoire du monastère de Belogorsk commence en 1890, lorsque le père Stefan Lukanin visite pour la première fois la Montagne Blanche. Inspiré par ce qu'il a vu, il décide d'y fonder un monastère missionnaire. En 1891, la première croix est érigée sur la montagne, et bientôt la construction d'églises et d'autres bâtiments commence. En 1894, la première église en bois est consacrée, et en 1895, la construction de l'église Iverskaya est achevée. Le monastère se développe rapidement : de nouveaux bâtiments sont construits, des ateliers et une école pour orphelins sont ouverts.

D'ici 1917, le monastère est devenu un centre religieux et culturel important. Cependant, avec l'arrivée des bolcheviks, des persécutions contre l'église commencent. En 1918, l'archimandrite Varlaam et de nombreux moines sont tués, et le monastère est pillé. Des tentatives de renaissance du monastère ont été faites jusqu'en 1923, mais sans succès. Pendant les années soviétiques, le monastère a été utilisé à diverses fins, y compris comme maison pour invalides et camp pour réprimés.

En 1990, le monastère a été restitué à l'Église orthodoxe russe, et sa restauration a commencé. En 1991, les services religieux ont repris, et en 1993, le monastère a obtenu le statut de monument architectural. La restauration se poursuit, attirant des pèlerins et des bienfaiteurs. En 1998, la Croix impériale a été réinstallée, et en 1999, un plan de développement du monastère a été approuvé. Dans les années 2000, les travaux de restauration des infrastructures et des églises se sont poursuivis.