В 1999 году Ростовский кремль получил от государства особняк купцов Кекиных, которые владели им с 30-х годов XIX века до революции. С этого момента началась история Музея купечества.

Здание возводилось, достраивалось и перестраивалось с конца XVIII до начала XX века. После национализации в 1917 году здесь разместился Сельскохозяйственный техникум.

Переданный музею особняк нуждался в ремонте и реставрации, на что Министерство культуры выделило средства. Работы продолжались восемь лет. Учёный совет учреждения в это время разрабатывал концепцию музея, готовил тематические планы и экспозиции. Музей открылся 29 августа 2008 года, в день 125-летия Ростовского кремля.

В музее действует постоянная экспозиция "Кекины. Род, судьба, наследие", знакомящая посетителей с историей купечества города и происхождением семей этого сословия. Экспонаты, подобранные с любовью и знанием, показывают, как велась торговля и протекала общественная жизнь в те времена, а также духовную жизнь купечества. В доме Кекиных, в парадной прихожей, представлены гравюры и планы Ростова XIX века, фотографии и портреты известных купцов. В кабинете хозяина можно увидеть экспонаты, отражающие благотворительную деятельность Алексея Леонтьевича Кекина, и ознакомиться с его завещанием.

Сотрудники музея активно занимаются научно-просветительской работой, организуя различные формы экскурсий, включая театрализованные. Проводятся вечера, посвященные старинному дому, где звучит старинное фортепиано, а в конце устраиваются чаепития с домашней выпечкой, как это было в купеческие времена.

Алексей Леонтьевич Кекин был не только купцом, но и меценатом, много сделавшим для города. На его средства была построена льняная фабрика, чтобы обеспечить работой местных жителей. Он также внес вклад в восстановление разрушающегося кремля и развитие водопроводных сетей в городе. Своё состояние Кекин завещал родному городу с условием строительства гимназии, которая была построена и работает до сих пор. Многие города завидовали Ростову, обладающему таким учебным заведением.