До 1819 года монастырь назывался «Рязанский Пустынский Покровский девичий» и был известен в народе как Аграфенинская пустынь. Он располагался возле озера Куцкого, неподалеку от Рязани.

18 июня 1819 года монастырь перенесли на Чёрную Гору в восточной части города Михайлова, а в мае 1820 года туда перевезли и кельи. Монастырю передали кладбищенский храм Воскресения Христова. В 1919 году советская власть закрыла монастырь, конфисковала и разграбила его имущество, а храмы опечатала. Вскоре на территории монастыря разместился отряд красноармейцев, а через несколько лет там устроили свиноферму. К концу 1950-х годов все здания монастыря были полностью снесены. В 1998 году жители Михайлова построили храм-часовню в честь иконы Божией Матери «Взыскание погибших».

Храм был освящён митрополитом Рязанским и Касимовским Симоном Новиковым 10 октября 1999 года. 6 октября 1999 года Священный синод благословил открытие Покровского женского монастыря для возобновления монашеской жизни. 27 мая 2001 года была освящена церковь Покрова Пресвятой Богородицы.

2 июля 2005 года архиепископ Рязанский и Касимовский Павел Пономарёв заложил камень в основание восстанавливаемого соборного храма с главным престолом в честь Покрова Пресвятой Богородицы.

11 сентября 2007 года по благословению архиепископа Рязанского и Касимовского Павла был заложен камень в основание надвратного храма в честь святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова.

При монастыре функционируют воскресная школа и библиотека. Также имеется небольшое подсобное хозяйство с птицеводством и животноводством. Для паломников предусмотрена трапезная, однако отдельной гостиницы нет, и в жилом корпусе могут разместиться максимум 12-15 человек.

В настоящее время в монастыре продолжаются восстановительные работы: воссоздаётся соборный храм, достраивается монастырская ограда и заложен сад.