Hasta 1819, el monasterio se llamaba "Monasterio de Doncellas Pokrovsky de Riazán" y era conocido popularmente como el desierto de Agrafenina. Estaba ubicado cerca del lago Kutski, no lejos de Riazán.

El 18 de junio de 1819, el monasterio fue trasladado a la Montaña Negra en la parte oriental de la ciudad de Mikhailov, y en mayo de 1820 se trasladaron allí también las celdas. Al monasterio se le entregó la iglesia del cementerio de la Resurrección de Cristo. En 1919, el poder soviético cerró el monasterio, confiscó y saqueó sus bienes, y selló las iglesias. Poco después, en el territorio del monasterio se instaló un destacamento de soldados rojos, y unos años más tarde se estableció una granja de cerdos allí. A finales de la década de 1950, todos los edificios del monasterio fueron completamente demolidos. En 1998, los habitantes de Mikhailov construyeron una iglesia-capilla en honor a la icono de la Madre de Dios "Reparación de los Perdidos".

La iglesia fue consagrada por el metropolitano de Riazán y Kasimov, Simón Novikov, el 10 de octubre de 1999. El 6 de octubre de 1999, el Santo Sínodo bendijo la apertura del monasterio femenino Pokrovsky para la renovación de la vida monástica. El 27 de mayo de 2001 se consagró la iglesia de la Protección de la Santísima Virgen María.

El 2 de julio de 2005, el arzobispo de Riazán y Kasimov, Pavel Ponomariov, colocó la piedra fundamental del templo catedral en restauración, con el altar principal en honor a la Protección de la Santísima Virgen María.

El 11 de septiembre de 2007, con la bendición del arzobispo de Riazán y Kasimov, Pavel, se colocó la piedra fundamental del templo de la puerta en honor al apóstol y evangelista San Juan.

En el monasterio funcionan una escuela dominical y una biblioteca. También hay una pequeña granja auxiliar con avicultura y ganadería. Se ha previsto un comedor para los peregrinos, sin embargo, no hay un hotel separado, y en el edificio residencial pueden alojarse un máximo de 12-15 personas.

Actualmente, se continúan las obras de restauración en el monasterio: se está recreando el templo catedral, se está construyendo el muro del monasterio y se ha plantado un jardín.