История храма уходит в глубину веков. Известно, что деревянный храм Николая Чудотворца стоял на берегу реки Протвы в сельце Русиново, принадлежащем Боровскому монастырю, уже в 1613 году. Согласно «Приправочной книге по дозору Боровского уезда», этот деревянный храм был древним и ветхим. Возможно, он чудом уцелел в 1610 году, когда поляки Лжедмитрия, направляясь от Калуги на Москву, сожгли сельцо Русиново. Возможно, история храма уходит еще глубже, в 15 век, когда, по преданию, татарский баскак Русанов, первый владелец села, встретился с прибывшим сюда святым Пафнутием. Их отношения сначала были натянутыми, но вскоре настолько потеплели, что Русанов подарил свое село обители преподобного.

Каменный трехпрестольный храм в виде корабля появился на берегу Протвы в 19 веке. Храм с престолом в честь святителя Николая Чудотворца и двумя приделами был построен стольником И.В. Золотаревым в 1830 году (по другим данным в 1836) на месте старой деревянной церкви, в честь победы русских войск над Наполеоном в 1812 году. Никольский храм пережил революцию и гражданскую войну, но в 30-е годы был закрыт. Последний священник Сергий Маккавейский был арестован в 1932 году и сослан в Казахстан. Последний настоятель, священник Николай Тихомиров, переехал с семьей в Москву. Осенью 1941 года храм подвергся артобстрелу, в результате которого был разрушен купол колокольни. Разрушения, начатые войной, продолжались и в мирное время.

К концу XX века обезглавленная церковь Николая Чудотворца в селе Русиново, использовавшаяся как склад, представляла собой печальное зрелище. Купол отсутствовал, стены были разрушены, внутри и снаружи лежали горы мусора. В марте 1998 года остатки храма были переданы Калужской Епархии. В 2005 году началось его восстановление. В 2010-2012 годах к восстановлению подключились неравнодушные компании и частные лица, и храм начал быстро оживать.