L'histoire de l'église remonte à des siècles. On sait qu'une église en bois dédiée à Nicolas le Miracle-Worker se tenait sur les rives de la rivière Protva dans le village de Rusinovo, appartenant au monastère de Borovsk, dès 1613. Selon le "Livre de vérification du district de Borovsk", cette église en bois était ancienne et délabrée. Peut-être a-t-elle miraculeusement survécu en 1610, lorsque les Polonais de Faux-Dimitri, se dirigeant de Kalouga vers Moscou, ont incendié le village de Rusinovo. Il est possible que l'histoire de l'église remonte encore plus loin, au 15ème siècle, lorsque, selon la légende, le baskak tatar Rusanov, premier propriétaire du village, a rencontré le saint Pafnutiy qui était arrivé ici. Leur relation était d'abord tendue, mais elle s'est rapidement réchauffée au point que Rusanov a offert son village à l'abbaye du saint.

Une église en pierre à trois autels en forme de navire est apparue sur les rives de la Protva au 19ème siècle. L'église avec un autel en l'honneur de saint Nicolas le Miracle-Worker et deux chapelles a été construite par le noble I.V. Zolotarev en 1830 (selon d'autres sources en 1836) à l'emplacement de l'ancienne église en bois, en l'honneur de la victoire des troupes russes sur Napoléon en 1812. L'église de Nicolas a survécu à la révolution et à la guerre civile, mais a été fermée dans les années 30. Le dernier prêtre, Serge Makkaevski, a été arrêté en 1932 et exilé au Kazakhstan. Le dernier supérieur, le prêtre Nicolas Tikhomirov, a déménagé avec sa famille à Moscou. À l'automne 1941, l'église a subi un bombardement d'artillerie, ce qui a détruit le dôme du clocher. Les destructions, commencées par la guerre, ont continué en temps de paix.

À la fin du 20ème siècle, l'église décapitée de Nicolas le Miracle-Worker dans le village de Rusinovo, utilisée comme entrepôt, était un spectacle triste. Le dôme manquait, les murs étaient détruits, des montagnes de déchets jonchaient l'intérieur et l'extérieur. En mars 1998, les restes de l'église ont été transférés à l'Éparchie de Kalouga. En 2005, sa restauration a commencé. Entre 2010 et 2012, des entreprises et des particuliers sensibles se sont joints à la restauration, et l'église a commencé à revivre rapidement.