Die Geschichte der Kirche reicht tief in die Jahrhunderte zurück. Es ist bekannt, dass die hölzerne Kirche des Nikolaus des Wundersamen bereits 1613 am Ufer des Flusses Protwa im Dorf Rusinovo, das zum Borowski-Kloster gehörte, stand. Laut dem "Nachschlagebuch zur Überwachung des Borowski-Kreises" war diese hölzerne Kirche alt und baufällig. Möglicherweise überlebte sie auf wundersame Weise im Jahr 1610, als die Polen von False Dmitri, auf dem Weg von Kaluga nach Moskau, das Dorf Rusinovo niederbrannten. Möglicherweise reicht die Geschichte der Kirche noch weiter zurück, ins 15. Jahrhundert, als, der Überlieferung nach, der tatarische Baschkaq Rusanow, der erste Besitzer des Dorfes, den heiligen Pafnutij traf, der hierher kam. Ihre Beziehung war zunächst angespannt, aber bald so herzlich, dass Rusanow sein Dorf dem Kloster des Heiligen schenkte.

Im 19. Jahrhundert entstand am Ufer der Protwa die steinerne dreischiffige Kirche in Form eines Schiffes. Die Kirche mit dem Altar zu Ehren des Heiligen Nikolaus des Wundersamen und zwei Seitenaltären wurde 1830 (nach anderen Angaben 1836) von dem Edelmann I.V. Zolotarev anstelle der alten hölzernen Kirche zu Ehren des Sieges der russischen Truppen über Napoleon im Jahr 1812 erbaut. Die Nikolauskirche überstand die Revolution und den Bürgerkrieg, wurde jedoch in den 30er Jahren geschlossen. Der letzte Priester Sergij Makkawejskij wurde 1932 verhaftet und nach Kasachstan verbannt. Der letzte Abt, Priester Nikolaj Tichomirov, zog mit seiner Familie nach Moskau. Im Herbst 1941 wurde die Kirche einem Artilleriebeschuss ausgesetzt, bei dem die Kuppel des Glockenturms zerstört wurde. Die Zerstörungen, die mit dem Krieg begannen, setzten sich auch in Friedenszeiten fort.

Bis zum Ende des 20. Jahrhunderts stellte die enthauptete Kirche des Nikolaus des Wundersamen im Dorf Rusinovo, die als Lager genutzt wurde, einen traurigen Anblick dar. Die Kuppel fehlte, die Wände waren zerstört, innen und außen lagen Berge von Müll. Im März 1998 wurden die Überreste der Kirche an das Kalugaer Bistum übergeben. 2005 begann ihre Wiederherstellung. In den Jahren 2010-2012 beteiligten sich besorgte Unternehmen und Privatpersonen an der Wiederherstellung, und die Kirche begann schnell, wieder zu leben.