La historia de la iglesia se remonta a siglos atrás. Se sabe que la iglesia de madera de San Nicolás estaba a orillas del río Protva en el pueblo de Rusinovo, perteneciente al monasterio de Borovsk, ya en 1613. Según el "Libro de inspección del distrito de Borovsk", esta iglesia de madera era antigua y estaba en mal estado. Es posible que sobreviviera milagrosamente en 1610, cuando los polacos de Dmitri el Falso, al dirigirse de Kaluga a Moscú, incendiaron el pueblo de Rusinovo. Tal vez la historia de la iglesia se remonta aún más, al siglo XV, cuando, según la leyenda, el tártaro basmaq Rusanov, primer propietario del pueblo, se encontró con el santo Pafnutio que había llegado aquí. Su relación fue inicialmente tensa, pero pronto se calentó tanto que Rusanov regaló su pueblo a la comunidad del venerable.

La iglesia de piedra de tres altares en forma de barco apareció a orillas del Protva en el siglo XIX. La iglesia con altar en honor a San Nicolás y dos capillas fue construida por el noble I.V. Zolotarev en 1830 (según otros datos en 1836) en el lugar de la antigua iglesia de madera, en honor a la victoria de las tropas rusas sobre Napoleón en 1812. La iglesia de Nicolás sobrevivió a la revolución y a la guerra civil, pero fue cerrada en los años 30. El último sacerdote, Sergio Macabeo, fue arrestado en 1932 y exiliado a Kazajistán. El último rector, el sacerdote Nicolás Tikhomirov, se mudó con su familia a Moscú. En otoño de 1941, la iglesia fue objeto de un bombardeo de artillería, como resultado del cual se destruyó la cúpula del campanario. Las destrucciones, iniciadas por la guerra, continuaron en tiempos de paz.

A finales del siglo XX, la iglesia decapitada de San Nicolás en el pueblo de Rusinovo, utilizada como almacén, presentaba un triste espectáculo. La cúpula faltaba, las paredes estaban destruidas, y dentro y fuera había montañas de basura. En marzo de 1998, los restos de la iglesia fueron entregados a la Diócesis de Kaluga. En 2005 comenzó su restauración. Entre 2010 y 2012, empresas y particulares interesados se unieron a la restauración, y la iglesia comenzó a cobrar vida rápidamente.