Храм расположен в открытом поле, на некотором расстоянии от жилых домов, на месте старого кладбища, от которого не осталось следов. Церковь была построена в 1665 году и представляет собой типичный образец деревянного зодчества, «восьмерик на четверике». С западной стороны к четверику примыкает трапезная, возведенная позже. Это прямоугольное строение с двускатной крышей. Трапезная увеличивала пространство для большого количества людей, служила местом для обсуждения сельских дел и проведения праздничных трапез. В ней также могли проходить службы, для чего устраивался небольшой алтарь с иконостасом, придел. В трапезной церкви Иоанна Златоуста по южному скату крыши возвышается главка, обозначающая второй престол. Рядом с храмом стоит шестигранная колокольня с шатровым завершением XVIII века.

Вход в храм осуществляется через небольшой притвор, из которого низкая дверь ведет в просторное помещение трапезной. Потолочные доски опираются на мощный поперечный брус, матицу, поддерживаемую двумя массивными резными столбами. Столбы украшены резьбой в виде трех дынек, разделенных жгутовидными поясками.

Внутри храма переход от четверика к восьмерику и далее к шатру скрыт расписным потолком, сохранившимся лучше, чем в других деревянных церквях Каргополья. Также сохранились два резных опорных столба, а от иконостаса остались лишь фрагменты.

«Небо» или «небеса», это конструкция потолка в форме пологой усеченной пирамиды, характерная для деревянной архитектуры храмов Русского Севера. В центральном кольце обычно изображен Христос, а составные доски-сектора представляют собой иконы ангелов или святых.

Церковь Иоанна Златоуста в настоящее время не действует и является историческим объектом, находящимся под управлением Каргопольского историко-архитектурного музея. Чтобы посетить церковь, необходимо заранее связаться с музеем и договориться с ключницей о времени визита. Также можно заказать экскурсию.