L'église est située dans un champ ouvert, à une certaine distance des maisons, à l'emplacement d'un ancien cimetière dont il ne reste aucune trace. L'église a été construite en 1665 et représente un exemple typique de l'architecture en bois, « un octogone sur un carré ». Du côté ouest, une salle à manger a été ajoutée plus tard au carré. C'est un bâtiment rectangulaire avec un toit à deux pentes. La salle à manger augmentait l'espace pour un grand nombre de personnes, servait de lieu pour discuter des affaires rurales et organiser des repas festifs. Des services pouvaient également y avoir lieu, pour lesquels un petit autel avec un iconostase et une chapelle était aménagé. Dans la salle à manger de l'église de Jean Chrysostome, une petite coupole s'élève sur le versant sud du toit, marquant le second autel. À côté de l'église se dresse un clocher hexagonal avec une toiture en forme de tente datant du XVIIIe siècle.

L'entrée de l'église se fait par un petit vestibule, dont une porte basse mène à un espace spacieux de la salle à manger. Les planches du plafond reposent sur une puissante poutre transversale, la matice, soutenue par deux colonnes massives et sculptées. Les colonnes sont décorées de sculptures représentant trois melons, séparés par des ceintures en forme de cordes.

À l'intérieur de l'église, la transition du carré à l'octogone et ensuite au dôme est cachée par un plafond peint, mieux conservé que dans d'autres églises en bois de Kargopol. Deux colonnes de soutien sculptées ont également été préservées, et il ne reste que des fragments de l'iconostase.

« Le ciel » ou « les cieux », c'est la structure du plafond en forme de pyramide tronquée, caractéristique de l'architecture en bois des églises du Nord de la Russie. Dans l'anneau central, on représente généralement le Christ, et les planches sectorielles composées sont des icônes d'anges ou de saints.

L'église de Jean Chrysostome n'est actuellement pas en activité et est un site historique sous la gestion du musée historique et architectural de Kargopol. Pour visiter l'église, il est nécessaire de contacter à l'avance le musée et de convenir avec la gardienne d'un horaire de visite. Il est également possible de réserver une visite guidée.