La iglesia está situada en un campo abierto, a cierta distancia de las casas, en el lugar de un antiguo cementerio del que no quedan rastros. La iglesia fue construida en 1665 y es un ejemplo típico de la arquitectura de madera, "octogonal sobre cuadrado". En el lado oeste, se adosa una sala de comidas, construida posteriormente. Esta es una edificación rectangular con un techo a dos aguas. La sala de comidas aumentaba el espacio para un gran número de personas, servía como lugar para discutir asuntos rurales y celebrar comidas festivas. También podían llevarse a cabo servicios allí, para lo cual se organizaba un pequeño altar con un iconostasio y un ábside. En la sala de comidas de la iglesia de San Juan Crisóstomo, en la pendiente sur del techo, se eleva una cúpula que indica el segundo altar. Junto a la iglesia se encuentra un campanario hexagonal con un remate de tipo tienda del siglo XVIII.

La entrada a la iglesia se realiza a través de un pequeño vestíbulo, desde el cual una puerta baja conduce a un amplio espacio de la sala de comidas. Las tablas del techo descansan sobre una robusta viga transversal, la viga maestra, sostenida por dos macizos pilares tallados. Los pilares están decorados con tallas en forma de tres melones, separados por cintas trenzadas.

Dentro de la iglesia, la transición del cuadrado al octogonal y luego al techo está oculta por un techo pintado, que se ha conservado mejor que en otras iglesias de madera de Kargopol. También se han conservado dos pilares de soporte tallados, y del iconostasio solo quedan fragmentos.

"El cielo" o "los cielos", es la estructura del techo en forma de pirámide truncada, característica de la arquitectura de madera de las iglesias del Norte de Rusia. En el anillo central suele estar representado Cristo, y las tablas sectoriales constituyen íconos de ángeles o santos.

La iglesia de San Juan Crisóstomo actualmente no está en funcionamiento y es un objeto histórico, bajo la gestión del Museo Histórico y Arquitectónico de Kargopol. Para visitar la iglesia, es necesario contactar con el museo con antelación y acordar con la encargada de las llaves el horario de la visita. También se puede solicitar una excursión.