Die Kirche befindet sich auf freiem Feld, in einiger Entfernung von Wohnhäusern, an der Stelle eines alten Friedhofs, von dem keine Spuren mehr vorhanden sind. Die Kirche wurde 1665 erbaut und ist ein typisches Beispiel für die Holzarchitektur, ein "Achtkant auf einem Viereck". An der Westseite schließt sich ein später errichteter Speisesaal an das Viereck an. Dies ist ein rechteckiges Gebäude mit einem Satteldach. Der Speisesaal vergrößerte den Raum für eine große Anzahl von Menschen, diente als Ort für die Diskussion ländlicher Angelegenheiten und für festliche Mahlzeiten. Dort konnten auch Gottesdienste stattfinden, wozu ein kleiner Altar mit einem Ikonostase und einem Seitenaltar eingerichtet wurde. Im Speisesaal der Kirche Johannes Chrysostomus erhebt sich am südlichen Dachfirst eine kleine Kuppel, die den zweiten Altar kennzeichnet. Neben der Kirche steht ein sechseckiger Glockenturm mit einem Zeltdach aus dem 18. Jahrhundert.

Der Eingang zur Kirche erfolgt durch einen kleinen Vorraum, von dem eine niedrige Tür in den geräumigen Speisesaal führt. Die Deckenbretter ruhen auf einem starken Querbalken, der Matz, der von zwei massiven geschnitzten Säulen gestützt wird. Die Säulen sind mit Schnitzereien in Form von drei Melonen verziert, die durch geflochtene Bänder getrennt sind.

Im Inneren der Kirche ist der Übergang vom Viereck zum Achtkant und weiter zur Kuppel durch eine bemalte Decke verborgen, die besser erhalten ist als in anderen Holzkirchen von Kargopol. Auch zwei geschnitzte Stützsäulen sind erhalten geblieben, während vom Ikonostase nur Fragmente übrig sind.

"Der Himmel" oder "die Himmel", das ist die Deckenstruktur in Form einer flachen, abgeschnittenen Pyramide, die für die Holzarchitektur der Kirchen im Russischen Norden charakteristisch ist. Im zentralen Ring ist normalerweise Christus abgebildet, und die zusammengesetzten Bretter-Sektoren stellen Ikonen von Engeln oder Heiligen dar.

Die Kirche Johannes Chrysostomus ist derzeit nicht in Betrieb und ist ein historisches Objekt, das unter der Verwaltung des Kargopol Historisch-Architektonischen Museums steht. Um die Kirche zu besuchen, ist es notwendig, sich im Voraus mit dem Museum in Verbindung zu setzen und einen Termin mit der Schlüsselwächterin zu vereinbaren. Es ist auch möglich, eine Führung zu buchen.