Шеино, как и многие другие сёла и хутора Корочанского района, возникло в XVII веке во время строительства Белгородской засечной черты.

В 1800 году в селе была построена и освящена каменная Христо-Рождественская церковь с тремя престолами. Она находилась в центре села, а во дворе церкви рос фруктовый сад. В XIX веке рядом с церковью была возведена сторожка, где разместилась церковно-приходская школа. В начале XX века в приходе числилось более двух с половиной тысяч человек.

В 1930-е годы церковь, прослужившая почти 150 лет, была закрыта, службы прекратились, а здание использовалось как склад. В 1943 году, во время ожесточённых боёв на территории села, церковь была окончательно разрушена.

28 января 1999 года в Шеинской средней школе прошёл сход жителей, на котором единогласно решили восстановить православный приход. Для проведения служб было оборудовано здание старой сторожки XIX века, где с 1871 года работала церковно-приходская школа.

19 августа 2001 года храм был освящён архиепископом Белгородским и Старооскольским Иоанном.