Sheino, comme de nombreux autres villages et hameaux du district de Korochansky, a été fondé au XVIIe siècle lors de la construction de la ligne de défense de Belgorod.

En 1800, une église en pierre de la Nativité du Christ a été construite et consacrée dans le village, avec trois autels. Elle était située au centre du village, et dans la cour de l'église se trouvait un verger. Au XIXe siècle, un poste de garde a été érigé à côté de l'église, où a été installée l'école paroissiale. Au début du XXe siècle, la paroisse comptait plus de deux mille cinq cents personnes.

Dans les années 1930, l'église, ayant servi presque 150 ans, a été fermée, les services ont cessé, et le bâtiment a été utilisé comme entrepôt. En 1943, lors de violents combats sur le territoire du village, l'église a été complètement détruite.

Le 28 janvier 1999, une assemblée des habitants s'est tenue à l'école secondaire de Sheino, où il a été décidé à l'unanimité de restaurer la paroisse orthodoxe. Pour les services, le bâtiment de l'ancien poste de garde du XIXe siècle, où l'école paroissiale fonctionnait depuis 1871, a été aménagé.

Le 19 août 2001, l'église a été consacrée par l'archevêque de Belgorod et de Starooskol, Ioann.