Sheino, wie viele andere Dörfer und Höhlen im Korotschansky Bezirk, entstand im 17. Jahrhundert während des Baus der Belgoroder Verteidigungslinie.

Im Jahr 1800 wurde im Dorf eine steinerne Christgeburtskirche mit drei Altären erbaut und geweiht. Sie befand sich im Zentrum des Dorfes, und im Hof der Kirche wuchs ein Obstgarten. Im 19. Jahrhundert wurde neben der Kirche ein Wachhaus errichtet, in dem die kirchliche Schule untergebracht war. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts zählte die Gemeinde mehr als zweieinhalbtausend Menschen.

In den 1930er Jahren wurde die Kirche, die fast 150 Jahre gedient hatte, geschlossen, die Gottesdienste wurden eingestellt, und das Gebäude wurde als Lager genutzt. Im Jahr 1943, während heftiger Kämpfe auf dem Gebiet des Dorfes, wurde die Kirche endgültig zerstört.

Am 28. Januar 1999 fand an der Sheino Mittelschule eine Versammlung der Bewohner statt, bei der einstimmig beschlossen wurde, die orthodoxe Gemeinde wiederherzustellen. Für die Durchführung der Gottesdienste wurde das Gebäude des alten Wachhauses aus dem 19. Jahrhundert ausgestattet, in dem seit 1871 die kirchliche Schule tätig war.

Am 19. August 2001 wurde die Kirche von Erzbischof Ioann von Belgorod und Starooskol geweiht.