Sheino, al igual que muchos otros pueblos y aldeas del distrito de Korochansky, surgió en el siglo XVII durante la construcción de la línea de defensa de Belgorod.

En 1800 se construyó y consagró en el pueblo una iglesia de piedra de la Natividad de Cristo con tres altares. Estaba situada en el centro del pueblo, y en el patio de la iglesia crecía un huerto. En el siglo XIX se erigió junto a la iglesia una caseta de vigilancia, donde se instaló la escuela parroquial. A principios del siglo XX, la parroquia contaba con más de dos mil quinientas personas.

En la década de 1930, la iglesia, que había estado en funcionamiento durante casi 150 años, fue cerrada, se suspendieron los servicios, y el edificio se utilizó como almacén. En 1943, durante intensos combates en el territorio del pueblo, la iglesia fue destruida por completo.

El 28 de enero de 1999, en la escuela secundaria de Sheino, se llevó a cabo una reunión de los habitantes, donde se decidió por unanimidad restaurar la parroquia ortodoxa. Para llevar a cabo los servicios, se acondicionó el edificio de la antigua caseta de vigilancia del siglo XIX, donde había funcionado la escuela parroquial desde 1871.

El 19 de agosto de 2001, la iglesia fue consagrada por el arzobispo de Belgorod y Starooskolsky, Ioann.