В сентябре 1917 года Святейший Синод принял решение сделать Кунцевское подворье Полунинской Крестовоздвиженской общины самостоятельной. Монахиня Серафима была назначена начальницей Кунцевского монастыря. Это было сложное время для православных, и община Серафимы также испытала трудности. В 1918 году у общины отобрали имущество и храм. Чтобы продолжать богослужения, пришлось заключить договор с местной властью и составить опись имущества, что и было сделано в том же году.

К концу 1922 года община была упразднена, оставив только храм, который стал приходским. Храм переживал трудности, в 1922 году у него изъяли 44 серебряных предмета и большой колокол, якобы для помощи голодающим.

Священнослужители и прихожане храма преподобного Серафима Саровского в Кунцеве столкнулись с трагической судьбой. Первый настоятель, протоиерей Александр Владимирович Русинов, родился в 1878 году и служил с 1907 по 1922 год. Он пережил строительство храма и тяжелые годы революции. В 1938 году его расстреляли на Бутовском полигоне, и ныне он признан святым новомучеником и исповедником российским.

Второй настоятель, иерей Сергий Фелицын, возглавил церковь в 1926 году. Сергей Николаевич Фелицын родился в 1895 году в селе Погост Троицы Московской области. Его отец был священником, а сам он окончил Московскую Духовную семинарию и академию. В 1937 году его арестовали и расстреляли вместе с диаконом В.И. Краснокутским и еще одним церковнослужителем. Фелицын и Краснокутский также были признаны новомучениками и исповедниками российскими.

После закрытия храма его здание использовали для различных нужд: сначала детские учреждения, затем производственные предприятия, такие как Механообозный завод, завод мебельной фурнитуры и другие. Рядом с храмом сохранилась кирпичная колокольня, которая после закрытия храма использовалась как жилое помещение и кузница. За это время колокольня потеряла второй ярус, а святые ворота были разрушены. Деревянная колокольня и жилые дома на территории общины были снесены, а остальные строения появились в советский период.

В 1999 году храм посетил Патриарх Алексий II, а в 2000 году он стал подворьем Саввино-Сторожевского монастыря. В 2006 году храм получил статус Патриаршего подворья.

В 2004 году часть построек загорелась ночью, что позволило вывести часть территории из-под действия закона об охране памятников культуры. Вскоре территорию продали ООО. Сейчас после смены нескольких собственников ведется строительство жилого дома.