En septembre 1917, le Saint-Synode a décidé de rendre le domaine de Kountsevo de la communauté de la Croix-Glorieuse de Polouninsk autonome. La moniale Séraphima a été nommée supérieure du monastère de Kountsevo. C'était une période difficile pour les orthodoxes, et la communauté de Séraphima a également rencontré des difficultés. En 1918, les biens et l'église de la communauté ont été confisqués. Pour continuer les services, il a fallu conclure un accord avec les autorités locales et établir un inventaire des biens, ce qui a été fait la même année.

À la fin de 1922, la communauté a été dissoute, ne laissant que l'église, qui est devenue paroissiale. L'église a traversé des épreuves, en 1922, 44 objets en argent et une grande cloche ont été confisqués, prétendument pour aider les affamés.

Les clercs et les paroissiens de l'église du bienheureux Séraphim de Sarov à Kountsevo ont fait face à un destin tragique. Le premier recteur, le prêtre Alexandre Vladimirovitch Rousinov, est né en 1878 et a servi de 1907 à 1922. Il a survécu à la construction de l'église et aux années difficiles de la révolution. En 1938, il a été fusillé au polygone de Boutovo, et il est maintenant reconnu comme saint nouveau martyr et confesseur russe.

Le deuxième recteur, le prêtre Sergueï Felitsine, a pris la tête de l'église en 1926. Sergueï Nikolaïevitch Felitsine est né en 1895 dans le village de Pogost, dans la région de Moscou. Son père était prêtre, et lui-même a terminé le séminaire théologique de Moscou et l'académie. En 1937, il a été arrêté et fusillé avec le diacre V.I. Krasnokoutski et un autre clerc. Felitsine et Krasnokoutski ont également été reconnus comme nouveaux martyrs et confesseurs russes.

Après la fermeture de l'église, son bâtiment a été utilisé à diverses fins : d'abord pour des établissements pour enfants, puis pour des entreprises de production, telles que l'usine de mécanique et l'usine de quincaillerie de meubles, et d'autres. Près de l'église, un clocher en brique a été conservé, qui après la fermeture de l'église a été utilisé comme logement et forge. Pendant ce temps, le clocher a perdu son deuxième étage, et les portes sacrées ont été détruites. Le clocher en bois et les maisons résidentielles sur le territoire de la communauté ont été démolis, et les autres bâtiments ont été construits pendant la période soviétique.

En 1999, le patriarche Alexis II a visité l'église, et en 2000, elle est devenue un domaine du monastère de Savvino-Storozhevsky. En 2006, l'église a obtenu le statut de domaine patriarcal.

En 2004, une partie des bâtiments a pris feu la nuit, ce qui a permis de retirer une partie du territoire de la loi sur la protection des monuments culturels. Peu après, le territoire a été vendu à une société à responsabilité limitée. Actuellement, après plusieurs changements de propriétaires, un immeuble résidentiel est en construction.