Станица Новоивановская, ранее известная как хутор Новоивановский, была основана в 1891 году в Кубанской области. Её заселили православные верующие, которые с самого начала мечтали о собственном храме. Их усилиями в 1895 году в хуторе появилась первая часовня Николая Мирликийского Чудотворца, расположенная в деревянном здании школы. Однако помещение часовни было настолько тесным, что вмещало не более 45 человек.

23 марта 1897 года при школе был открыт Николаевский молитвенный дом, построенный из дерева на каменном фундаменте. Несмотря на отсутствие отопления и суровые зимние условия, местные жители посещали богослужения даже в морозы. В доме был придел, посвящённый Святителю Николаю Мирликийскому Чудотворцу. В 1909 году здание покрыли железом и установили колокола. Однако молитвенный дом не мог вместить всех желающих, и жители начали собирать средства на строительство нового храма.

8 августа 1909 года священник Николай Парадиев освятил место для будущего храма, который был спроектирован по образцу Богоявленской церкви в Санкт-Петербурге, построенной в кирпичном русском стиле по проекту архитектора Василия Антоновича Косякова. Строительство велось под руководством кубанского архитектора Александра Петровича Косякина. Работы шли по плану, и в 1910 году началось сооружение куполов. В 1911 году стены храма были оштукатурены и побелены, а иконостас заказан по утверждённому Епархией рисунку. В июне 1912 года иконостас был установлен, и 15 сентября 1912 года храм был освящён во имя Святителя Николая Чудотворца. Это событие подробно освещалось в Ставропольских Епархальных ведомостях. В то же время в станице построили кирпичную школу.

В 1929 году храм закрыли, и его пытались уничтожить, но здание уцелело и стало использоваться как зернохранилище. Со временем оно начало разрушаться. В 1975 году храм был признан памятником архитектуры местного значения, но средств на его восстановление не нашлось, и разрушение продолжалось. В 1980 году обрушился шатёр на северном приделе.

К концу ХХ века жители станицы добились возобновления службы в храме. Краснодарская епархия поручила провести техническое обследование здания. Начались аварийно-восстановительные работы, которые шли медленно из-за нехватки средств. Из краевого бюджета выделили 300 000 рублей на реставрацию. Проект реставрации разработало ООО «Памятники Кубани», а работы выполнило ООО «ДЕМстрой».

В 2006 году восстановили центральный купол, укрепили несущие конструкции, отреставрировали витражи и кресты, а также восстановили правый придел, шатёр и кровлю над алтарём. В 2007 году состоялось освящение Покровского храма.

В 2008 году продолжились работы по восстановлению храма, и 22 мая был освящён правый придел Святителя Николая Чудотворца. Началось восстановление левого придела Новомученников Российских и центрального придела Покровского.

В 2009 году завершили работы над северным приделом Новомученников Российских и изготовили иконостасы для северного и центрального приделов.

В 2010 году продолжалась реставрация внутренних помещений храма, была проложена дорога и проведено благоустройство территории.

В 2011 году ремонтировали фасад храма и колокольню, заменили витражи по всему периметру здания.

В 2012 году восстановили уникальный резной иконостас центрального придела и установили ворота и калитку по старинным эскизам.