Die Staniza Nowoijwanowskaja, früher bekannt als der Weiler Nowoijwanowski, wurde 1891 in der Region Kuban gegründet. Sie wurde von orthodoxen Gläubigen besiedelt, die von Anfang an von einer eigenen Kirche träumten. Mit ihren Bemühungen entstand 1895 im Weiler die erste Kapelle des heiligen Nikolaus von Myra, die in einem Holzgebäude der Schule untergebracht war. Doch der Raum der Kapelle war so eng, dass er nicht mehr als 45 Personen fasste.

Am 23. März 1897 wurde an der Schule das Nikolausgebetshaus eröffnet, das aus Holz auf einem Steinfundament gebaut wurde. Trotz fehlender Heizung und harter Winterbedingungen besuchten die Einheimischen selbst bei Frost die Gottesdienste. Im Haus gab es eine Kapelle, die dem heiligen Nikolaus von Myra gewidmet war. 1909 wurde das Gebäude mit Eisen gedeckt und Glocken installiert. Doch das Gebetshaus konnte nicht alle Interessierten fassen, und die Bewohner begannen, Mittel für den Bau einer neuen Kirche zu sammeln.

Am 8. August 1909 weihte der Priester Nikolai Paradijew den Platz für die zukünftige Kirche, die nach dem Vorbild der Epiphaniakirche in St. Petersburg entworfen wurde, die im russischen Ziegelstil nach dem Entwurf des Architekten Wassili Antonowitsch Kosjakow erbaut wurde. Der Bau wurde unter der Leitung des kubanischen Architekten Alexander Petrowitsch Kosjakin durchgeführt. Die Arbeiten verliefen planmäßig, und 1910 begann der Bau der Kuppeln. 1911 wurden die Wände der Kirche verputzt und weiß gestrichen, und der Ikonostase wurde nach dem genehmigten Entwurf der Diözese bestellt. Im Juni 1912 wurde der Ikonostase installiert, und am 15. September 1912 wurde die Kirche im Namen des heiligen Nikolaus von Myra geweiht. Dieses Ereignis wurde ausführlich in den Stawropolischen Diözesanblättern behandelt. Gleichzeitig wurde in der Staniza eine Ziegel-Schule gebaut.

1929 wurde die Kirche geschlossen, und man versuchte, sie zu zerstören, aber das Gebäude überlebte und wurde als Getreidespeicher genutzt. Mit der Zeit begann es zu verfallen. 1975 wurde die Kirche als Denkmal von lokaler Bedeutung anerkannt, aber es gab keine Mittel für ihre Wiederherstellung, und der Verfall setzte sich fort. 1980 stürzte das Dach über der nördlichen Kapelle ein.

Bis zum Ende des 20. Jahrhunderts erreichten die Bewohner der Staniza die Wiederaufnahme der Gottesdienste in der Kirche. Die Diözese Krasnodar beauftragte eine technische Untersuchung des Gebäudes. Es begannen Notfall- und Restaurierungsarbeiten, die aufgrund von Geldmangel langsam vorankamen. Aus dem regionalen Haushalt wurden 300.000 Rubel für die Restaurierung bereitgestellt. Das Restaurierungsprojekt wurde von der LLC "Denkmaler Kubans" entwickelt, und die Arbeiten wurden von der LLC "DEMstroj" durchgeführt.

2006 wurde die zentrale Kuppel wiederhergestellt, die tragenden Strukturen verstärkt, die Glasmalereien und Kreuze restauriert sowie die rechte Kapelle, das Dach und die Dachkonstruktion über dem Altar wiederhergestellt. 2007 fand die Weihe der Schutzherrin der Kirche statt.

2008 wurden die Arbeiten zur Wiederherstellung der Kirche fortgesetzt, und am 22. Mai wurde die rechte Kapelle des heiligen Nikolaus von Myra geweiht. Die Wiederherstellung der linken Kapelle der Neumärtyrer Russlands und der zentralen Kapelle der Schutzherrin begann.

2009 wurden die Arbeiten an der nördlichen Kapelle der Neumärtyrer Russlands abgeschlossen und Ikonostasen für die nördliche und zentrale Kapelle hergestellt.

2010 setzte sich die Restaurierung der Innenräume der Kirche fort, es wurde ein Weg angelegt und das Gelände gestaltet.

2011 wurde die Fassade der Kirche und der Glockenturm renoviert, und die Glasmalereien wurden rund um das Gebäude ersetzt.

2012 wurde der einzigartige geschnitzte Ikonostase der zentralen Kapelle wiederhergestellt und Tore sowie ein Tor nach alten Entwürfen installiert.