La stanitsa de Novoivanovskaya, anteriormente conocida como el asentamiento de Novoivanovsky, fue fundada en 1891 en la región de Kuban. Fue habitada por creyentes ortodoxos que desde el principio soñaron con tener su propia iglesia. Gracias a sus esfuerzos, en 1895 apareció la primera capilla de San Nicolás de Mira, ubicada en un edificio de madera de la escuela. Sin embargo, el espacio de la capilla era tan pequeño que no podía albergar a más de 45 personas.

El 23 de marzo de 1897 se inauguró una casa de oración de San Nicolás junto a la escuela, construida de madera sobre una base de piedra. A pesar de la falta de calefacción y las duras condiciones invernales, los habitantes locales asistían a los servicios incluso en el frío. En la casa había un altar dedicado a San Nicolás de Mira. En 1909, el edificio fue cubierto de hierro y se instalaron campanas. Sin embargo, la casa de oración no podía acomodar a todos los que deseaban asistir, y los residentes comenzaron a recaudar fondos para construir una nueva iglesia.

El 8 de agosto de 1909, el sacerdote Nikolai Paradiev bendijo el lugar para la futura iglesia, que fue diseñada a imagen de la iglesia de la Epifanía en San Petersburgo, construida en estilo ruso de ladrillo según el proyecto del arquitecto Vasily Antonovich Kosiakov. La construcción fue dirigida por el arquitecto kubano Alexander Petrovich Kosiakin. Los trabajos avanzaban según lo planeado, y en 1910 comenzaron a erigir las cúpulas. En 1911, las paredes de la iglesia fueron enlucidas y blanqueadas, y el iconostasio fue encargado según el diseño aprobado por la Diócesis. En junio de 1912, se instaló el iconostasio, y el 15 de septiembre de 1912, la iglesia fue consagrada en nombre de San Nicolás el Milagroso. Este evento fue ampliamente cubierto en los boletines diocesanos de Stavropol. Al mismo tiempo, se construyó una escuela de ladrillo en la stanitsa.

En 1929, la iglesia fue cerrada y se intentó destruirla, pero el edificio sobrevivió y comenzó a utilizarse como almacén de granos. Con el tiempo, comenzó a deteriorarse. En 1975, la iglesia fue reconocida como monumento arquitectónico de importancia local, pero no se encontraron fondos para su restauración, y la destrucción continuó. En 1980, el techo del altar norte colapsó.

A finales del siglo XX, los habitantes de la stanitsa lograron reanudar los servicios en la iglesia. La diócesis de Krasnodar encargó realizar una inspección técnica del edificio. Comenzaron los trabajos de emergencia y restauración, que avanzaron lentamente debido a la falta de fondos. Se asignaron 300,000 rublos del presupuesto regional para la restauración. El proyecto de restauración fue desarrollado por la empresa "Monumentos de Kuban", y los trabajos fueron realizados por la empresa "DEMstroy".

En 2006, se restauró la cúpula central, se reforzaron las estructuras portantes, se restauraron los vitrales y las cruces, y se restauró el altar derecho, el techo y la cubierta sobre el altar. En 2007, se llevó a cabo la consagración de la iglesia de la Intercesión.

En 2008, continuaron los trabajos de restauración de la iglesia, y el 22 de mayo se consagró el altar derecho de San Nicolás el Milagroso. Comenzó la restauración del altar izquierdo de los Nuevos Mártires Rusos y del altar central de la Intercesión.

En 2009, se completaron los trabajos en el altar norte de los Nuevos Mártires Rusos y se fabricaron los iconostases para los altares norte y central.

En 2010, continuó la restauración de los interiores de la iglesia, se construyó un camino y se mejoró el área circundante.

En 2011, se reparó la fachada de la iglesia y el campanario, y se reemplazaron los vitrales en todo el perímetro del edificio.

En 2012, se restauró el único iconostasio tallado del altar central y se instalaron puertas y una puerta peatonal según los antiguos bocetos.