La stanitsa de Novoivanovskaïa, auparavant connue sous le nom de hameau de Novoivanovski, a été fondée en 1891 dans la région de Kouban. Elle a été peuplée par des croyants orthodoxes qui rêvaient depuis le début d'avoir leur propre église. Grâce à leurs efforts, en 1895, la première chapelle de Nicolas de Myre a été construite dans le hameau, située dans un bâtiment en bois de l'école. Cependant, l'espace de la chapelle était si exigu qu'il ne pouvait accueillir plus de 45 personnes.

Le 23 mars 1897, une maison de prière Nicolas a été ouverte près de l'école, construite en bois sur une fondation en pierre. Malgré l'absence de chauffage et des conditions hivernales rigoureuses, les habitants assistaient aux offices même par temps de gel. La maison avait une chapelle dédiée à Saint Nicolas de Myre. En 1909, le bâtiment a été recouvert de fer et des cloches ont été installées. Cependant, la maison de prière ne pouvait pas accueillir tous ceux qui le souhaitaient, et les habitants ont commencé à collecter des fonds pour construire une nouvelle église.

Le 8 août 1909, le prêtre Nicolas Paradiev a consacré le site pour la future église, qui a été conçue sur le modèle de l'église de l'Épiphanie à Saint-Pétersbourg, construite dans le style russe en brique selon le projet de l'architecte Vassili Antonovitch Kossiakov. La construction a été dirigée par l'architecte kubanais Alexandre Petrovitch Kossiakin. Les travaux avançaient selon le plan, et en 1910, la construction des dômes a commencé. En 1911, les murs de l'église ont été plâtrés et blanchis, et l'iconostase a été commandée selon le dessin approuvé par l'Éparchie. En juin 1912, l'iconostase a été installée, et le 15 septembre 1912, l'église a été consacrée au nom de Saint Nicolas le Miracle-ouvrier. Cet événement a été largement couvert dans les Actes Éparchiaux de Stavropol. En même temps, une école en brique a été construite dans la stanitsa.

En 1929, l'église a été fermée et a été tentée d'être détruite, mais le bâtiment a survécu et a été utilisé comme entrepôt de grains. Avec le temps, il a commencé à se détériorer. En 1975, l'église a été reconnue monument architectural d'importance locale, mais il n'y avait pas de fonds pour sa restauration, et la dégradation a continué. En 1980, le clocher s'est effondré sur le chœur nord.

À la fin du XXe siècle, les habitants de la stanitsa ont réussi à reprendre les services dans l'église. L'Éparchie de Krasnodar a chargé de réaliser une inspection technique du bâtiment. Des travaux d'urgence et de restauration ont commencé, mais ils ont avancé lentement en raison du manque de fonds. Le budget régional a alloué 300 000 roubles pour la restauration. Le projet de restauration a été élaboré par la société à responsabilité limitée « Monuments de Kouban », et les travaux ont été réalisés par la société à responsabilité limitée « DEMstroy ».

En 2006, le dôme central a été restauré, les structures porteuses ont été renforcées, les vitraux et les croix ont été restaurés, et le chœur droit, le clocher et le toit au-dessus de l'autel ont été restaurés. En 2007, la consécration de l'église de la Protection a eu lieu.

En 2008, les travaux de restauration de l'église ont continué, et le 22 mai, le chœur droit de Saint Nicolas le Miracle-ouvrier a été consacré. La restauration du chœur gauche des Nouveaux Martyrs Russes et du chœur central de la Protection a commencé.

En 2009, les travaux sur le chœur nord des Nouveaux Martyrs Russes ont été achevés et des iconostases ont été fabriquées pour les chœurs nord et central.

En 2010, la restauration des espaces intérieurs de l'église a continué, une route a été tracée et l'aménagement du territoire a été réalisé.

En 2011, la façade de l'église et le clocher ont été réparés, et les vitraux ont été remplacés sur tout le périmètre du bâtiment.

En 2012, l'iconostase sculptée unique du chœur central a été restaurée et des portes et un portail ont été installés selon d'anciens croquis.