Село Банищи впервые упоминается в Рыльской писцовой книге 1678 года как наследственное владение Рыльского Николаевского монастыря. В 1682 году в селе появилась первая деревянная церковь Покрова Пресвятой Богородицы, которая была обложена налогом с одного монастырского двора, 25 крестьянских и 13 бобыльских дворов, в размере 24 алтына и 2 деньги (73 копейки). В документах упоминается священник этой церкви, поп Марк.

В 1735-1737 годах крестьяне Михаил Алдунин и Александр Устинов из села Банищи, принадлежащего Рыльскому Николаевскому монастырю, подали жалобу в Правительственный сенат на игумена Пафнутия Лукашева, обвиняя его в злоупотреблениях. Однако следствие, проведенное по распоряжению Коллегии Экономии, не нашло вины Пафнутия. Алдунин же был наказан за ложные обвинения: его отправили в Сыскной приказ для наказания кнутом, вырезания ноздрей и ссылки в Оренбург.

Строительство новой каменной церкви Покрова Пресвятой Богородицы началось в 1878 году. Жители села активно участвовали в строительстве, изготавливая кирпичи на хуторе Кирпичный и доставляя их на стройку. Раствор для кладки замешивали на яичных желтках. Церковь была освящена в 1880 году.

В советское время храм в Банищах, его священники и прихожане переживали трудные времена. Во время войны село было оккупировано немецкими войсками, и колокольня храма использовалась как наблюдательный пункт и место для снайпера. В советский период храм временно закрывался, но позже богослужения возобновились и продолжаются до сих пор.

В последние годы храм ремонтируется благодаря помощи курского благотворителя. На западный вход в храм была установлена мозаичная икона Покрова Пресвятой Богородицы.