El pueblo de Baniщi se menciona por primera vez en el libro de registros de Rylsk de 1678 como propiedad hereditaria del monasterio de San Nicolás de Rylsk. En 1682, se construyó en el pueblo la primera iglesia de madera dedicada a la Protección de la Santísima Virgen, que estaba sujeta a un impuesto de un patio monástico, 25 patios de campesinos y 13 patios de bóboles, por un monto de 24 altyns y 2 dengi (73 kopeks). En los documentos se menciona al sacerdote de esta iglesia, el padre Mark.

Entre 1735 y 1737, los campesinos Mikhail Aldunin y Alexander Ustinov del pueblo de Baniщi, perteneciente al monasterio de San Nicolás de Rylsk, presentaron una queja al Senado del Gobierno contra el igumen Pafnutiy Lukashev, acusándolo de abusos. Sin embargo, la investigación realizada por orden de la Colegiatura de Economía no encontró culpabilidad en Pafnutiy. Aldunin fue castigado por acusaciones falsas: fue enviado al Departamento de Investigación para ser castigado con un látigo, la mutilación de las fosas nasales y el exilio a Orenburg.

La construcción de una nueva iglesia de piedra dedicada a la Protección de la Santísima Virgen comenzó en 1878. Los habitantes del pueblo participaron activamente en la construcción, fabricando ladrillos en la aldea de Kirpichny y transportándolos al sitio de construcción. La mezcla para el mortero se preparaba con yemas de huevo. La iglesia fue consagrada en 1880.

Durante la época soviética, la iglesia en Baniщi, sus sacerdotes y feligreses vivieron tiempos difíciles. Durante la guerra, el pueblo fue ocupado por tropas alemanas, y el campanario de la iglesia se utilizó como puesto de observación y lugar para francotiradores. En el período soviético, la iglesia se cerró temporalmente, pero más tarde se reanudaron los servicios religiosos y continúan hasta hoy.

En los últimos años, la iglesia ha sido reparada gracias a la ayuda de un benefactor de Kursk. Se instaló un ícono mosaico de la Protección de la Santísima Virgen en la entrada occidental de la iglesia.