Das Dorf Banišči wird erstmals im Rylsker Katasterbuch von 1678 als Erbgut des Rylsker Nikolausklosters erwähnt. Im Jahr 1682 wurde im Dorf die erste hölzerne Kirche der Schutzherrin der Heiligen Gottesmutter errichtet, die mit einer Steuer von einem Klosterhof, 25 Bauernhöfen und 13 Bäuerchen in Höhe von 24 Altyn und 2 Dengi (73 Kopeken) belegt war. In den Dokumenten wird der Priester dieser Kirche, Pater Mark, erwähnt.

In den Jahren 1735-1737 reichten die Bauern Michail Aldunin und Alexander Ustinov aus dem Dorf Banišči, das dem Rylsker Nikolauskloster gehörte, eine Beschwerde beim Regierungssenat gegen den Abt Pafnutij Lukashev ein und beschuldigten ihn der Missbräuche. Doch die Untersuchung, die auf Anordnung der Kollegialen Ökonomie durchgeführt wurde, fand keine Schuld bei Pafnutij. Aldunin hingegen wurde für falsche Anschuldigungen bestraft: Er wurde zum Zwangsarbeitslager geschickt, wo er mit der Peitsche bestraft, die Nasenlöcher herausgeschnitten und nach Orenburg verbannt wurde.

Der Bau der neuen steinernen Kirche der Schutzherrin der Heiligen Gottesmutter begann im Jahr 1878. Die Dorfbewohner beteiligten sich aktiv am Bau, indem sie Ziegel auf dem Ziegelhof herstellten und diese zur Baustelle transportierten. Der Mörtel für den Mauerwerk wurde mit Eigelb angerührt. Die Kirche wurde 1880 geweiht.

In der Sowjetzeit erlebte die Kirche in Banišči, ihre Priester und Gläubigen schwierige Zeiten. Während des Krieges wurde das Dorf von deutschen Truppen besetzt, und der Kirchturm wurde als Beobachtungspunkt und für Scharfschützen genutzt. In der sowjetischen Zeit wurde die Kirche vorübergehend geschlossen, aber später wurden die Gottesdienste wieder aufgenommen und dauern bis heute an.

In den letzten Jahren wird die Kirche dank der Hilfe eines wohltätigen Kurssers renoviert. Am westlichen Eingang zur Kirche wurde ein Mosaikbild der Schutzherrin der Heiligen Gottesmutter angebracht.