Le village de Baniichi est mentionné pour la première fois dans le livre de cadastre de Rylsk en 1678 comme une propriété héréditaire du monastère de Saint-Nicolas de Rylsk. En 1682, le premier église en bois de la Protection de la Sainte Vierge a été construite dans le village, imposée d'un impôt de 24 altyns et 2 kopecks (73 kopecks) provenant d'une cour monastique, de 25 maisons paysannes et de 13 maisons de paysans sans terre. Les documents mentionnent le prêtre de cette église, le père Mark.

Entre 1735 et 1737, les paysans Mikhail Aldunin et Alexander Ustinov du village de Baniichi, appartenant au monastère de Saint-Nicolas de Rylsk, ont déposé une plainte auprès du Sénat gouvernemental contre l'abbé Pafnutiy Lukashev, l'accusant d'abus. Cependant, l'enquête menée par ordre de la Collégiale de l'Économie n'a trouvé aucune culpabilité de Pafnutiy. Aldunin, quant à lui, a été puni pour fausse accusation : il a été envoyé au Bureau d'enquête pour être fouetté, avoir les narines coupées et exilé à Orenbourg.

La construction d'une nouvelle église en pierre de la Protection de la Sainte Vierge a commencé en 1878. Les habitants du village ont activement participé à la construction, fabriquant des briques à la ferme de Brique et les transportant sur le chantier. Le mortier pour la maçonnerie était préparé avec des jaunes d'œufs. L'église a été consacrée en 1880.

À l'époque soviétique, l'église de Baniichi, ses prêtres et ses paroissiens ont traversé des temps difficiles. Pendant la guerre, le village a été occupé par les troupes allemandes, et le clocher de l'église a été utilisé comme poste d'observation et comme emplacement pour un tireur d'élite. Pendant la période soviétique, l'église a été temporairement fermée, mais par la suite, les services religieux ont repris et se poursuivent jusqu'à présent.

Ces dernières années, l'église a été rénovée grâce à l'aide d'un bienfaiteur de Kouïsk. Une icône mosaïque de la Protection de la Sainte Vierge a été installée à l'entrée ouest de l'église.