Лавра была основана рядом с местом, где древняя Иерихонская дорога пересекала Кутилийский поток и находилась деревня Фаран. Она располагалась в ущелье, по обоим берегам потока, в пещерах и гротах.

Через несколько лет после основания монастыря святой Харитон покинул Фаранскую лавру и отправился в Фекойские ущелья, где на склоне высокой горы основал новую Суккийскую лавру. Однако перед смертью он вернулся в Фаранскую лавру, где и был похоронен.

Период расцвета лавры пришелся на VI век. В VI и VII веках в монастыре жил преподобный Косма скопец, чье жизнеописание попало в "Лимонарь", агиографическое произведение греческого инока Иоанна Мосха.

В VIII веке лавра все еще существовала: её имя упоминается в церковных летописях и посланиях епископов и авв. В начале IX века, из-за междоусобиц между детьми Харуна аль-Рашида, монахи покинули лавру.

В XIX веке монастырь был заброшен и полностью разрушен.

Во второй половине XIX века архимандрит Антонин (Капустин), начальник Русской Духовной Миссии в Иерусалиме, предпринял несколько безуспешных попыток получить лавру для Российской империи. Это удалось только в 1903 году иеросхимонаху Пантелеимону, настоятелю Афонской русской обители Воздвижения Креста Господня.

Несколько лет спустя пожар уничтожил почти все строения, и восстановить их удалось лишь частично. Восстановленный скит представлял собой двухэтажное здание с множеством келий у подножия скалы, в которой на высоте около 20 метров находится пещерная церковь во имя преподобного Харитона.

Последний афонский насельник скита, отец Герасим, скончался в 1960-е годы. После этого скит пустовал, за исключением нескольких дней, когда члены Русской Духовной Миссии РПЦЗ посещали его, а также 28 сентября, в день преподобного Харитона, когда клирики Миссии служили там Божественную Литургию.

С 1997 года и по настоящее время (2020 год) в скиту постоянно проживает монах Харитон, который в одиночку восстановил скит из руин, оставшихся после Шестидневной войны.