La lavra a été fondée près de l'endroit où l'ancienne route de Jéricho traversait le cours d'eau de Koutili et se trouvait le village de Faran. Elle était située dans une vallée, sur les deux rives du cours d'eau, dans des grottes et des cavernes.

Quelques années après la fondation du monastère, saint Chariton quitta la lavra de Faran et se rendit dans les gorges de Fekoy, où il fonda une nouvelle lavra de Soukki sur le flanc d'une haute montagne. Cependant, avant sa mort, il revint à la lavra de Faran, où il fut enterré.

La période de prospérité de la lavra a eu lieu au VIe siècle. Aux VIe et VIIe siècles, le moine Cosme le chaste y résidait, dont la vie a été racontée dans le "Limonaire", une œuvre hagiographique du moine grec Jean Moschus.

Au VIIIe siècle, la lavra existait encore : son nom est mentionné dans les chroniques ecclésiastiques et les lettres des évêques et des abbés. Au début du IXe siècle, en raison des guerres civiles entre les enfants de Haroun al-Rachid, les moines quittèrent la lavra.

Au XIXe siècle, le monastère fut abandonné et complètement détruit.

Dans la seconde moitié du XIXe siècle, l'archimandrite Antonin (Kapoustine), chef de la Mission spirituelle russe à Jérusalem, entreprit plusieurs tentatives infructueuses pour obtenir la lavra pour l'Empire russe. Ce n'est qu'en 1903 que l'hiéromoine Pantéléimon, supérieur de la communauté russe du Mont Athos de l'Exaltation de la Sainte Croix, réussit.

Quelques années plus tard, un incendie détruisit presque tous les bâtiments, et leur restauration ne fut que partielle. Le skit restauré était un bâtiment à deux étages avec de nombreuses cellules au pied de la falaise, où se trouve à environ 20 mètres de hauteur une église troglodyte au nom de saint Chariton.

Le dernier habitant athonite du skit, le père Gérasime, décéda dans les années 1960. Après cela, le skit resta désert, à l'exception de quelques jours où des membres de la Mission spirituelle de l'Église russe à l'étranger le visitaient, ainsi que le 28 septembre, jour de saint Chariton, lorsque des clercs de la Mission y célébraient la Divine Liturgie.

Depuis 1997 et jusqu'à présent (2020), un moine nommé Chariton réside en permanence dans le skit, qui a restauré seul le skit à partir des ruines laissées après la guerre des Six Jours.