La lavra fue fundada cerca del lugar donde la antigua carretera de Jericó cruzaba el arroyo de Kutilia y se encontraba la aldea de Faran. Estaba situada en un desfiladero, a ambos lados del arroyo, en cuevas y grutas.

Unos años después de la fundación del monasterio, el santo Caritón dejó la lavra de Faran y se dirigió a los desfiladeros de Fekoy, donde fundó una nueva lavra de Sukki en la ladera de una alta montaña. Sin embargo, antes de su muerte, regresó a la lavra de Faran, donde fue enterrado.

El período de esplendor de la lavra se produjo en el siglo VI. En los siglos VI y VII, vivió en el monasterio el venerable Cosma, un eunuco, cuya biografía fue incluida en el "Limón", una obra hagiográfica del monje griego Juan Mosco.

En el siglo VIII, la lavra aún existía: su nombre se menciona en crónicas eclesiásticas y cartas de obispos y abades. A principios del siglo IX, debido a las luchas internas entre los hijos de Harún al-Rashid, los monjes abandonaron la lavra.

En el siglo XIX, el monasterio fue abandonado y completamente destruido.

En la segunda mitad del siglo XIX, el archimandrita Antonin (Kapustin), jefe de la Misión Espiritual Rusa en Jerusalén, realizó varios intentos infructuosos de obtener la lavra para el Imperio Ruso. Esto se logró solo en 1903 por el hierosquimónaco Panteleimon, abad del monasterio ruso de la Elevación de la Cruz del Monte Athos.

Varios años después, un incendio destruyó casi todos los edificios, y solo se pudo restaurar parcialmente. La skete restaurada consistía en un edificio de dos pisos con numerosas celdas al pie de la roca, en la que a una altura de aproximadamente 20 metros se encuentra una iglesia en la cueva en honor al venerable Caritón.

El último residente del Monte Athos de la skete, el padre Gerasimos, falleció en la década de 1960. Después de eso, la skete quedó desierta, excepto por algunos días en que miembros de la Misión Espiritual Rusa de la ROCOR la visitaban, así como el 28 de septiembre, día del venerable Caritón, cuando los clérigos de la Misión celebraban allí la Divina Liturgia.

Desde 1997 hasta la actualidad (2020), un monje llamado Caritón reside permanentemente en la skete, quien ha restaurado la skete de las ruinas que quedaron después de la Guerra de los Seis Días.