Die Lavra wurde in der Nähe des Ortes gegründet, wo die alte Jericho-Straße den Kutili-Fluss kreuzte, und befand sich im Dorf Faran. Sie lag in einer Schlucht, an beiden Ufern des Flusses, in Höhlen und Grotten.

Einige Jahre nach der Gründung des Klosters verließ der heilige Chariton die Faran-Lavra und begab sich in die Fekoi-Schluchten, wo er an einem Hang eines hohen Berges die neue Sukkia-Lavra gründete. Vor seinem Tod kehrte er jedoch zur Faran-Lavra zurück, wo er auch begraben wurde.

Die Blütezeit der Lavra fiel ins 6. Jahrhundert. Im 6. und 7. Jahrhundert lebte im Kloster der heilige Kosmas, der Eunuch, dessen Lebensbeschreibung in den "Limonar" aufgenommen wurde, einem hagiografischen Werk des griechischen Mönchs Johannes Moschos.

Im 8. Jahrhundert existierte die Lavra noch: Ihr Name wird in kirchlichen Chroniken und in den Briefen von Bischöfen und Äbten erwähnt. Zu Beginn des 9. Jahrhunderts verließen die Mönche aufgrund von Bürgerkriegen zwischen den Söhnen Harun al-Raschids die Lavra.

Im 19. Jahrhundert wurde das Kloster verlassen und vollständig zerstört.

In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts unternahm der Archimandrit Antonin (Kapustin), der Leiter der Russischen Geistlichen Mission in Jerusalem, mehrere erfolglose Versuche, die Lavra für das Russische Reich zu erwerben. Dies gelang erst 1903 dem Hieroschimonach Pantelimon, dem Abt des russischen Klosters auf dem Berg Athos, der Erhebung des Kreuzes des Herrn.

Einige Jahre später zerstörte ein Feuer fast alle Gebäude, und sie konnten nur teilweise wiederhergestellt werden. Die wiederhergestellte Einsiedelei war ein zweigeschossiges Gebäude mit vielen Zellen am Fuß eines Felsens, in dem sich in etwa 20 Metern Höhe eine Höhlenkirche zu Ehren des heiligen Chariton befindet.

Der letzte Athos-Bewohner der Einsiedelei, Vater Gerasim, starb in den 1960er Jahren. Danach blieb die Einsiedelei unbewohnt, mit Ausnahme einiger Tage, an denen Mitglieder der Russischen Geistlichen Mission der RPTsZ sie besuchten, sowie am 28. September, dem Tag des heiligen Chariton, an dem die Kleriker der Mission dort die Göttliche Liturgie feierten.

Seit 1997 und bis heute (2020) lebt der Mönch Chariton ständig in der Einsiedelei, der sie aus den Ruinen, die nach dem Sechstagekrieg übrig geblieben waren, allein wiederhergestellt hat.