В 1834 году, посетив Ипатьевский монастырь, император Николай I приказал вернуть архиерейскому корпусу его "древний вид". На месте прежних Святых ворот должны были появиться новые с надвратной церковью в честь святых Хрисанфа и Дарии. "Костромские епархиальные ведомости" описывали идею создания нового храма, отмечая, что в 1612 и 1812 годах Россия пережила тяжелые испытания, и 19 марта стало символическим днем спасения страны. В 1613 году царь Михаил Феодорович покинул Ипатьевский монастырь, чтобы восстановить порядок в России, а в 1814 году император Александр Благословенный вошел в Париж, чтобы умиротворить Европу. В память об этих событиях Николай I распорядился построить в монастыре храм в честь святых мучеников Хрисанфа и Дарии, чья память отмечается 19 марта. На стенах храма планировалось изобразить шествие Михаила Феодоровича и вход Александра I в Париж. Для строительства храма выделили значительные средства. В 1836 году разобрали восточный фасад архиерейской резиденции и остатки древних ворот, чтобы по проекту губернского архитектора Утина возвести новые с надвратной церковью. Основным создателем монастырского ансамбля XIX века, включая церковь, стал профессор архитектуры К.А. Тон. 25 июня 1840 года, в день рождения Николая I, в монастыре заложили храм в честь святых Хрисанфа и Дарии. Фасад храма соответствовал фасаду Зеленой башни, которая находилась на противоположной стороне монастыря. Строительство шло быстро, но 2 августа 1841 года церковные своды обрушились из-за поспешности работ и неблагоприятной погоды. После расследования причин обрушения были заложены новые фундаменты, и в 1852 году по проекту архитектора Н.П. Григорьева началось новое строительство. На этот раз работы завершились успешно, и в 1859 году храм был освящен епископом Костромским и Галичским Платоном, известным церковным ученым и писателем.

4 ноября 2005 года архиепископ Костромской и Галичский Александр освятил крест, установленный на храм 15 ноября. 6 апреля 2008 года архиепископ Александр вместе с клириками и насельниками монастыря провел чин великого освящения и Божественную литургию, что стало достойным завершением усилий верующих и подвижников благочестия нашего времени.