En 1834, al visitar el monasterio Ipatiev, el emperador Nicolás I ordenó devolver al cuerpo episcopal su "antigua apariencia". En el lugar de las antiguas Puertas Sagradas debían aparecer nuevas con una iglesia sobre la puerta en honor a los santos Crisanto y Daría. Los "Boletines diocesanos de Kostroma" describían la idea de crear un nuevo templo, señalando que en 1612 y 1812 Rusia había pasado por duras pruebas, y el 19 de marzo se convirtió en un día simbólico de salvación para el país. En 1613, el zar Mijaíl Fiódorovich dejó el monasterio Ipatiev para restaurar el orden en Rusia, y en 1814 el emperador Alejandro el Bendito entró en París para pacificar Europa. En memoria de estos eventos, Nicolás I ordenó construir en el monasterio un templo en honor a los santos mártires Crisanto y Daría, cuya memoria se celebra el 19 de marzo. En las paredes del templo se planeaba representar la procesión de Mijaíl Fiódorovich y la entrada de Alejandro I en París. Se destinaron fondos significativos para la construcción del templo. En 1836 se desmanteló la fachada oriental de la residencia episcopal y los restos de las antiguas puertas, para erigir nuevas según el proyecto del arquitecto provincial Utin, con la iglesia sobre la puerta. El principal creador del conjunto monástico del siglo XIX, incluida la iglesia, fue el profesor de arquitectura K.A. Ton. El 25 de junio de 1840, en el día del nacimiento de Nicolás I, se colocó la primera piedra del templo en honor a los santos Crisanto y Daría. La fachada del templo correspondía a la fachada de la Torre Verde, que se encontraba en el lado opuesto del monasterio. La construcción avanzaba rápidamente, pero el 2 de agosto de 1841, las bóvedas de la iglesia colapsaron debido a la prisa en los trabajos y las condiciones climáticas desfavorables. Tras investigar las causas del colapso, se construyeron nuevos cimientos, y en 1852, bajo el proyecto del arquitecto N.P. Grigoriev, comenzó una nueva construcción. Esta vez, los trabajos se completaron con éxito, y en 1859 el templo fue consagrado por el obispo de Kostroma y Galich, Platón, un conocido erudito y escritor eclesiástico.

El 4 de noviembre de 2005, el arzobispo de Kostroma y Galich, Alejandro, bendijo la cruz que se instaló en el templo el 15 de noviembre. El 6 de abril de 2008, el arzobispo Alejandro, junto con clérigos y monjes del monasterio, llevó a cabo el rito de la gran consagración y la Divina Liturgia, lo que se convirtió en un digno cierre de los esfuerzos de los creyentes y los ascetas de la piedad de nuestro tiempo.