Im Jahr 1834, bei einem Besuch des Ipatjew-Klosters, befahl Kaiser Nikolaus I. dem Erzbischofskollegium, sein "altes Aussehen" zurückzugeben. Anstelle der früheren Heiligen Pforte sollten neue mit einer übertorigen Kirche zu Ehren der Heiligen Chrysanth und Daria entstehen. Die "Kostromer Diözesanblätter" beschrieben die Idee, einen neuen Tempel zu errichten, und bemerkten, dass Russland in den Jahren 1612 und 1812 schwere Prüfungen durchlebt hatte, und der 19. März ein symbolischer Tag der Rettung des Landes wurde. Im Jahr 1613 verließ Zar Michael Fjodorowitsch das Ipatjew-Kloster, um die Ordnung in Russland wiederherzustellen, und im Jahr 1814 betrat Kaiser Alexander der Segensreiche Paris, um Europa zu befrieden. Zum Gedenken an diese Ereignisse ordnete Nikolaus I. den Bau einer Kirche im Kloster zu Ehren der heiligen Märtyrer Chrysanth und Daria an, deren Gedenken am 19. März gefeiert wird. An den Wänden der Kirche war geplant, den Einzug von Michael Fjodorowitsch und den Eintritt von Alexander I. in Paris darzustellen. Für den Bau der Kirche wurden erhebliche Mittel bereitgestellt. Im Jahr 1836 wurde die östliche Fassade der Erzbischöflichen Residenz und die Überreste der alten Pforte abgerissen, um nach dem Entwurf des Gouvernementsarchitekten Utin neue mit einer übertorigen Kirche zu errichten. Der Hauptschöpfer des Klosterensembles des 19. Jahrhunderts, einschließlich der Kirche, war der Architekturprofessor K.A. Ton. Am 25. Juni 1840, am Geburtstag von Nikolaus I., wurde im Kloster die Kirche zu Ehren der heiligen Chrysanth und Daria eingeweiht. Die Fassade der Kirche entsprach der Fassade des Grünen Turms, der sich auf der gegenüberliegenden Seite des Klosters befand. Der Bau verlief schnell, aber am 2. August 1841 stürzten die Kirchengewölbe aufgrund der Hast der Arbeiten und ungünstiger Wetterbedingungen ein. Nach der Untersuchung der Ursachen des Einsturzes wurden neue Fundamente gelegt, und im Jahr 1852 begann nach dem Entwurf des Architekten N.P. Grigorjew ein neuer Bau. Diesmal wurden die Arbeiten erfolgreich abgeschlossen, und im Jahr 1859 wurde die Kirche von dem Bischof von Kostroma und Galitsch, Platon, einem bekannten kirchlichen Gelehrten und Schriftsteller, geweiht.

Am 4. November 2005 weihte der Erzbischof von Kostroma und Galitsch, Alexander, das Kreuz, das am 15. November auf der Kirche errichtet wurde. Am 6. April 2008 führte Erzbischof Alexander zusammen mit den Klerikern und Mönchen des Klosters die Zeremonie der großen Weihe und die Göttliche Liturgie durch, was einen würdigen Abschluss der Bemühungen der Gläubigen und der frommen Menschen unserer Zeit darstellte.