Успенская церковь в Варзуге является примером шатровых церквей, которые историки архитектуры относят к древнерусскому деревянному зодчеству. Эта церковь представляет собой особый тип деревянных храмов с шатровой кровлей, где восьмерик с шатром установлен на четверике, соединённом с крещатым основанием. В таких церквах прирубы покрыты бочками разного размера, расположенными пирамидально. Престол в честь Успения Пресвятой Богородицы существовал в Варзуге уже в XV веке и упоминается в 1491 году вместе с Никольской церковью. Во второй половине XVI века Успенский храм стал самостоятельным и находился на погосте. В описи от 1563 года упоминается, что на погосте стояла церковь с трапезной, но без пения. Со временем церковь ветшала, и в конце XVII века было решено построить новое здание.

Точная дата строительства нынешней Успенской церкви известна благодаря храмозданному кресту, который ранее находился на южной стене храма. Этот крест содержит текст об освящении престола, датированный 4 августа 1674 года. Сейчас крест хранится в Афанасьевском храме. Церковь была освящена в честь праздника Успения Пресвятой Богородицы, отмечаемого 15 августа по юлианскому календарю. Имя зодчего, построившего церковь, Климент, сохранилось в местном синодике, который позже был перевезён в Архангельск. Кто был заказчиком церкви, остаётся неизвестным. Некоторые исследователи считают, что в строительстве участвовали московские мастера, однако мурманский историк И. Ф. Ушаков отвергает эту версию, ссылаясь на политику искоренения шатрового стиля в то время.

Варзуга исторически была связана с Соловками, и незадолго до этих событий службу вёл Герасим Фирсов, известный ревнитель "древнего благочестия". Первое упоминание о варзужском храме относится к 1491 году, когда владыка Новгородский освободил церковь святителя Николая Чудотворца от дани и суда. Историк Евгений Ходаковский считает, что с этой церкви начинается история деревянного храмового зодчества в Беломорье. В 1597 году ансамбль в Варзуге пополнился церковью святителя Афанасия Александрийского, что свидетельствовало о восстановлении прихода после опричного погрома.

Со временем Успенская церковь обветшала, и варзужане решили построить новый деревянный храм. Его стройный шатёр и галереи напоминают храм Вознесения в Коломенском. По мнению реставратора Ополовникова, сходство усиливается, если представить галерею Успенской церкви в её первоначальном виде. Зодчие достигли успеха, создав торжественный образ церкви, используя крещатый план, распространённый в деревянном зодчестве с XV века. За годы существования церковь подверглась нескольким переделкам, изменившим её облик. В 1847-1848 годах её перекрыли и обшили, а в 1860 году обновили иконостас. Последний значительный ремонт был проведён в 1888-1895 годах, о чём свидетельствует запись на деревянном щите.

После прихода советской власти на Кольском полуострове проводилась антирелигиозная политика, и многие церкви были закрыты или переоборудованы. Успенская церковь в Варзуге осталась нетронутой. В 1947 году её обследовал архитектор А.В. Ополовников, а в 1968 году было решено оставить церковь на месте и обеспечить её сохранность. К 300-летию церкви её верхняя часть была обновлена.

Церковная жизнь в Варзуге начала возрождаться в 1990 году, когда было принято решение о регистрации религиозного общества. Возобновление Успенского прихода произошло в 1996 году, также в связи с праздником Ахтырской иконы Божией Матери.